À Tokyo, Chiwawa est une fille populaire. Un jour, son corps est retrouvé dans la baie de Tokyo, découpé en morceaux. Les amis de Chiwawa se rassemblent pour se souvenir d'elle, mais ils réalisent qu'ils ne la connaissaient pas si bien, pas plus que son vrai nom ou son passé.

En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.