Au lendemain de la venue du premier Godzilla en 1954, le gouvernement japonais met en place une force spécialisée dans la destruction des monstres. Très efficace, celle-ci résiste à bien des envahisseurs, mais pas à la venue de Godzilla en 1999. Le gouvernement japonais ne s'avoue pas vaincu et décide de créer un bio-robot à partir du mélange de la technologie de pointe et de l'ADN prélevé sur les restes du tout premier Godzilla. Akane Yashiro est nommée pilote.

Seul rescapé de l'attaque d'un navire de pêche par des insectes géants, Hiroshi Okumura révèle que ces monstres ont été libérés suite au réveil d'un monstre géant, qu'il reconnaît comme étant Godzilla. Ce dernier détruit un sous-marin nucléaire russe dont il se nourrit de l'énergie, jusqu'à atteindre la taille de 80 mètres. Il se dirige ensuite vers Tokyo.

Tsuneo, étudiant à l'université, travaille à temps partiel dans un club demah-jong. Fréquemment les clients parlent d'une vielle dame et du contenu mystérieux du landau qu'elle promène. Un jour, il le découvre par hasard : c'est une jeune fille paraplégique du nom de Kumiko mais qui se fait appeler Joze (nom du personnage de son livre favoris). Une amitié se développe entre eux, jusqu'à peu à peu se transformer en amour.

Un accident dans les essais d’un bouclier magnétique révolutionnaire précipite une unité de l’armée japonaise, 460 ans dans le passé, à l’époque où les seigneurs de la guerre se partageaient le pays. Conscient de l’immense pouvoir que lui donnent hélicoptères de combat et blindés, le colonel Matoba prend le contrôle de la région. Envoyée au cours de la faille dans l’espace-temps, une autre unité de l’armée arrive en 1549. Sa mission : empêcher que Matoba détourne le cours de l’histoire…

Après l'attaque d'un bateau de pêche, le seul membre d'équipage survivant se rend compte que ce n'est autre qu'un Godzilla ressuscité. Cependant, les efforts pour faire la lumière sur l'histoire sont réprimés par le gouvernement japonais au milieu des tensions politiques croissantes entre les États-Unis et l'Union soviétique, qui sont tous deux prêts à bombarder le Japon pour arrêter le monstre.

Isako Sawada tenait un restaurant quand elle a rencontré Nobuhiro. Agé de plus de 31 ans qu'elle et cadre d'une société, ils finirent par se marier. Nobuhiro possède un grand manoir et son argent est géré par la gouvernante Saki Tsubaki. Isako Sawada projette de devenir veuve dans 3 ans et d'hériter du milliard de yens de son mari. Isako Sawada veut faire mourir Nobuhiro d'une manière apparemment naturelle.

Deux jeunes hommes sont recrutés dans la force aérienne japonaise juste avant déclenchement de WW2 par le pilote d'essai de Japans nouveau chasseur de super - Zero. Le film est dit dans le sens inverse du point de l'un des jeunes hommes qui se qualifient pour le dossn't traning pilote et rejoint la place l'équipe au sol. Il raconte toute l'histoire du célèbre chasseur dès les premiers vols d'essai de prototype pendant toute la guerre.

Une énorme panne électrique se produit à l'échelle mondiale. Tout ce qui nécessite de l'électricité s'arrête. Tokyo est presque ruiné. Yoshiyuki Suzuki décide de s'échapper de Tokyo avec sa famille.

Alors qu’il regagne son domicile dans l’espoir de fêter l’anniversaire de sa fille, un salaryman entend au détour d’un parking le bruit sourd de coups violents, suivis des gémissements d’un SDF brutalisé par des adolescents. Au début hésitant, il décide finalement de s’opposer à cette violence gratuite. Mais il est provoqué par l’un d’eux qui sort un couteau. Le désarmant, il se met à le frapper au visage de rage, avant que la police n’intervienne. L’adolescent brutalisé, qui semble être le meneur de la bande, décide par la suite de se venger en s’en prenant à ce que l’homme a de plus cher: sa fille.