Agé d'une vingtaine d'années, MacGyver, qui possède un don unique pour la débrouille et des méthodes peu orthodoxes pour parvenir à ses fins, travaille pour le gouvernement au sein d'une organisation secrète dont le but est de sauver des vies.

Après la mort de son mari, une mère célibataire tente de cacher les super-pouvoirs de son fils pour le protéger de personnes mal intentionnées.