L’histoire se situe pendant la période d’Edo,sous la gouvernance du seigneur Ukyo. Elle relate les faits incroyables du samouraï Kanemi Sanzaemon et de sa tristement célèbre épée.Il y a trois ans, lors d’une représentation de danse traditionnelle, Kanemi Sanzaemon assassine Lady Renko qui était la concubine du jeune daimyo Ukyo.Cette femme n’était alors qu’une intrigante qui, aux yeux de Sanzaemon, n’était connue que pour ses frasques et sa corruption; alimentant ainsi des tensions irréversibles entre le peuple (qu’elle accablait par les impôts) et son daimyo. Cet acte de « folie » lui vaut une assignation à résidence pendant 3 ans, ainsi que la perte de tous ses titres honorifiques. Après sa peine, il est convoqué de manière inattendue au domaine de Kubota.Le daimyo le réclame à ses côtés pour devenir son garde du corps, espérant ainsi contrer l’éventuel complot assassin d’Obiya Hayatonosho...

Terriblement traumatisé par la fin prochaine de sa femme et la paralysie d'un de ses collegues, blessé au cours d'une fusillade, le détective Nishi quitte la police. Il va commettre un hold-up pour soulager les miseres de ceux qui l'entourent. La sérénite du dernier voyage qu'il entreprend avec sa femme, vers le mont Fuji, va etre brisée par l'arrivée de yakusas vengeurs.

Pour avoir décoché un coup de poing à un yakuza énervé par sa lenteur, Masaki, jeune pompiste quelque peu hébété, se retrouve dans une situation délicate. Effrayé par les conséquences de son acte et les menaces de destruction qui planent sur la station-service, il demande de l'aide à l'entraîneur des Eagles, l'équipe amateure de base-ball dans laquelle il joue. Ce dernier, lui-même ancien yakuza se fait vertement recevoir et humilier par le chef du gang. Livré à lui-même, Masaki part pour Okinawa avec Kazuo, un de ses coéquipiers, à la recherche d'une arme pour se protéger.

Au Japon, au XIXe siècle, Zatoichi est un voyageur aveugle gagnant sa vie comme joueur professionnel et masseur. Mais derrière son humble apparence, il est un redoutable combattant, rapide comme l'éclair et dont les coups s'avèrent d'une stupéfiante précision. Alors qu'il traverse la montagne, il découvre une petite ville entièrement sous la coupe d'un gang. Son chef, Ginzo, se débarrasse de tous ceux qui osent se dresser sur son chemin, d'autant plus efficacement qu'il a engagé un redoutable samouraï ronin, Hattori. Dans un tripot, Zatoichi rencontre deux geishas, aussi dangereuses que belles. Okinu et sa sœur Osei vont de ville en ville à la recherche du meurtrier de leurs parents. Elles possèdent pour seul indice un nom mystérieux : Kuchinawa. Dès que les hommes de main de Ginzo croisent Zatoichi, l'affrontement est inévitable et sa légendaire canne-épée rentre en action.