Catherine Chandler, jeune avocate de la haute société New Yorkaise, est agressée et laissée pour morte dans Central Park. Elle est sauvée par Vincent, une créature mi-homme mi-bête, qui l'emmène dans son monde souterrain, afin de la soigner. Dans ce monde, câché du reste des humains, vit une communauté d'exclus. Guérie, Catherine retourne dans son monde en promettant de garder le secret. Elle devient assistante du procureur de Manhattan, et chaque fois que ses enquêtes la mettent en danger, Vincent, uni à elle par un mystérieux lien mental, vient à son aide.

Travaillant pour la fondation Phoenix, MacGyver est appelé à l'aide dès qu'une situation périlleuse l'exige. Adepte de la non-violence, il n'utilise que son intelligence, sa malice et son couteau suisse pour venir à bout de complots, attentats et autres sinistres projets.