Chassés de leurs terres par des monstres à l'apparence d'insectes géants, les humains ont bâti des cités dans les airs. Pour éradiquer la menace, des mages ont été envoyés à l'assaut. Parmi eux, Kanata Age, autrefois valeureux guerrier connu sous le nom de "Master Black Swordsman", considéré aujourd'hui comme le traître de son unité spéciale. Un jour, il est envoyé comme instructeur au sein de l'équipe E601. Composée de trois étranges filles, Misora Whitale, Lecty Eisenach, et Rico Flamel, celle-ci essuie pas moins de six défaites…

Adapté du roman HaruChika de Sei Hatsuno. Nous suivons le quotidien de Haruta et Chika, deux amis d'enfance, qui sont membres du club de musique. Ces derniers passent leur temps à s'entraîner et à recruter des membres pour leur club. Tout se passe bien jusqu'à ce qu'un accident soit déclaré dans l'établissement, dû à cela, nos deux amis d'enfance partent à la recherche d'indices pouvant résoudre le mystère de cet accident.

L’aube d’une bataille décisive approche dans le golfe de Leyte contre la Flotte des Abysses, les mystérieux ennemis qui occupent la mer. Seules capables de les combattre, les filles-navires incarnant l'esprit des navires d'antan et leurs armes de geurre. Le destroyer de classe Shiratsuyu, Shigure est affectée à la 1re escadre de Raid, 3e escadre également connue sous le nom de 1YB3H. Malheureusement pour Shigure, le 1YB3H se compose des quelques filles-navires restants et sert de diversion. Devant affronter la Flotte des Abysses de front, il se pourrait bien qu'il s’agisse de leur première et dernière mission ensemble.

Fudō Nomura est un étudiant fraîchement transféré dans un lycée qui a pour particularité de donner des armes à ses étudiantes afin de ne pas subir de harcèlement de la part des garçons. Peu de temps après son arrivée, notre héros devient la cible de Rin Onigawara, l'une des cinq combattantes à l'épée qui règne sur l'établissement. Afin de retrouver sa liberté, il devra vaincre les cinq jeunes femmes.