Sur une île coupée du monde, se trouve la Duel Academy, une école formant une nouvelle élite de duellistes. Jaden Yuki, un jeune garçon très doué, intègre le prestigieux internat dont il découvre vite l'étrange univers. Ainsi, les étudiants sont répartis en fonction de leurs résultats aux examens : les meilleurs résident à l'Obélisque Bleu, les moyens dans le dortoir Râ Jaune et les duellistes les plus nazes croupissent dans le dortoir Slifer Rouge dans lequel se trouve Jaden. Les conflits entre les trois groupes risquent de grimer d'un cran. En effet, grâce à l'arrivée du jeune garçon, la domination des bleus est sur le point d'être renversée…

L'histoire se déroule dans un monde futuriste où deux camps s'affrontent dans une guerre interstellaire qui dure depuis des décennies. Alors qu'elle est encore enfant, Sara Werec voit son frère Ralph partir pour la guerre et lui promet qu'un jour, elle le rejoindra pour combattre à ses côtés. Pendant sa formation, elle suit les exploits de son frère qui devient rapidement un pilote reconnu. Mais un jour, il disparaît sans laisser de trace. Peu après, l'école de Sara, qui forme les Reasoners, est attaquée et de nombreux étudiants sont tués mais ce qui choque la jeune fille plus que tout, c'est que le responsable de ce massacre n'est autre que Ralph, passé à l'ennemi ! Après ces événements, Sara n'a plus qu'un objectif en tête : retrouver son frère pour exiger des explications et, si nécessaire, le détruire.

Amnésique, Otonashi se réveille dans un lieu qui lui est inconnu. À peine conscient, une jeune fille nommée Yuri lui annonce de but en blanc qu’il est mort et qu’il se trouve dans l’au-delà. Cette dernière se présente comme le leader d’un groupe d’opposants tentant de défier les dieux par les armes afin de se venger des souffrances qu’ils ont endurées dans leur vie antérieure.

Après avoir tué dans le passé huit personnes qui lui étaient chères en raison de certaines circonstances, Balsa est devenue garde du corps afin d'expier ses meurtres en protégeant le même nombre de personnes. Après deux ans d'absence, à 30 ans, elle revient dans la région de Yogo où elle assiste à un accident dans lequel le prince Chagum tombe dans l'eau. Balsa lui sauve la vie et assiste à un évènement surnaturel. Sous l'eau, l'enfant fut protégé par une sphère bleue. La seconde femme de l'empereur invite donc Balsa pour la remercier et lui demande de protéger Chagum. En effet, on découvrit récemment que le jeune prince était possédé. Ceci pouvant détruire le prestige de la famille impériale aux yeux de l'empereur, celui-ci décida d'assassiner l'enfant. Balsa accepte la requête et s'enfuit avec Chagum, celui-ci devenant par la même occasion la huitième personne qu'elle protègera…

Tokyo, l'une des villes les plus populaires dans le monde entier, et devenu une capitale anarchique. Oui, c'est devenu le lieu des règlements de compte de violence gratuite, des vices, et des infractions à la loi. La mégapole est partagée et régentée par des gangs impitoyables portant un nom faisant froid dans le dos, comme les Shivuya Saru (les singes de Shivuya), les Shinyuku Hands (les mains de Shinyuku), les Musashino Saru (les singes de Musashino), et les Wu-Ronz du quartier de Bukuro. Ces quatre gangs s'affrontent pour leurs territoire, le sang coule, la haine s'installe et la colère fait des ravages dans les rues de Tokyo sur un air de hip-hop et d'un GTA-like. Un anime extrêmement violent, âme sensible s'abstenir !

Shinichiro est un étudiant qui tente d’écrire une pièce en s’inspirant de son entourage. Un ami de son père étant mort l’année dernière, sa famille a pris sous tutelle sa jeune fille Hiromi qui se trouve être dans la même classe que Shinichiro. Ce dernier est attiré par elle et tente de comprendre pourquoi en sa présence, celle-ci reste renfermée sur elle-même. Cette attention particulière qu’il lui porte entraîne une certaine jalousie de la part de sa mère qu’il ignore complètement. Alors qu’il se ballade autour de son lycée, il fait la connaissance de Noe une jeune fille spéciale qui sépare les gens en deux catégories : ceux qui peuvent voler et ceux qui ne le peuvent pas. Au fil du temps, Shinichiro se rapproche d’elle et devient en quelque sorte son animal de compagnie, apprenant par la suite que Noe tente de « retrouver ses larmes ». Cette nouvelle fréquentation semble cependant déranger les sentiments de Hiromi.