Il y a 12 000 ans, une guerre commence et oppose les anges déchus d'Atlantis, gardiens de l'Arbre de vie, aux humains. Pendant cette bataille, un ange déchu nommé Appolonius et surnommé aussi "Les Ailes du Soleil" avait trahi les siens pour l'amour d'une humaine, Siren. Pour protéger les humains, il prit les commandes d'un mecha, nommé Aquarion, et remporta la bataille. Cependant, longtemps après cette bataille, le conflit se reproduisit. Afin d'assurer la sécurité de l'humanité, un groupe de protection lutte contre les invasions répétées des anges déchus, qui s'emparent de l'énergie vitale des humains, pour nourrir leur Arbre de vie. Grâce aux vectors, un type d'Aquarion peut être alors crée (Solar, Luna, ou Mars) et contrôlé par des pilotes possédant des pouvoirs particuliers. Mais qui sont réellement ces pilotes ?

Kenji Gion est un élève qui vit son premier jour au lycée de la préfecture de Kanagawa. Lors d'un match de rugby, il fera la rencontre du grand et discret Sumiaki Iwashimizu, tout le contraire de Kenji qui est petit et impulsif. Ils deviendront amis grâce à leur intérêt pour le rugby et rejoindront rapidement le club du lycée consacré à ce sport. Comment s'en sortiront nos deux héros avec leurs particularités ?