Une jeune agent dotée d'un puissant pouvoir psionique sur le papier doit arrêter un complot visant à détruire le monde.

La terre est envahie par des envahisseurs extraterrestres et, alors qu'il est en mission pour arrêter les envahisseurs, un préposé assigné est blessé. Il demande l'aide d'un humain nommé Sadamitsu. Sadamitsu se donne pour mission de débarrasser le monde des envahisseurs, d'empêcher la venue de l'ultime exécuteur, le vautour. Le problème est que le vautour est déjà là, et enterré dans le passé de Sadamitsu est la raison pour laquelle le vautour n'a pas déjà détruit la Terre.

Sur une île coupée du monde, se trouve la Duel Academy, une école formant une nouvelle élite de duellistes. Jaden Yuki, un jeune garçon très doué, intègre le prestigieux internat dont il découvre vite l'étrange univers. Ainsi, les étudiants sont répartis en fonction de leurs résultats aux examens : les meilleurs résident à l'Obélisque Bleu, les moyens dans le dortoir Râ Jaune et les duellistes les plus nazes croupissent dans le dortoir Slifer Rouge dans lequel se trouve Jaden. Les conflits entre les trois groupes risquent de grimer d'un cran. En effet, grâce à l'arrivée du jeune garçon, la domination des bleus est sur le point d'être renversée…

Katsumi et Isami Minato vivent avec leur sœur et leur père. Un jour, les frères découvrent des cristaux qui transforment leur détenteur en Ultraman Rosso et en Ultraman Blu.