Une mystérieuse créature détruit 70 % de la Lune. La créature prévient alors que si elle n'est pas détruite avant le mois de mars de l'année prochaine, il détruira la Terre. La créature exige aussi de devenir le professeur principal pour la 3e classe E à Kunugigaoka Junior High School. Le gouvernement ne peut refuser. La créature devient alors le professeur principal de la classe qui se compose d'étudiants ayant échoué, y compris Nagisa Shiota. La créature est appelée Teacher Koro. Pendant ce temps, le gouvernement demande aux étudiants de tuer le Maître Koro qui a promis de ne pas leur faire de mal.

Les élèves de la classe 3-E (3-End) n'ont pas réussi à tuer leur professeur Koro-sensei durant les six premiers mois de l'année scolaire. Le festival de l'école doit leur donner de nouvelles occasions d'y parvenir. À la surprise générale, Kaede Kayano parvient presque à le tuer. Koro-sensei dévoile alors ses origines, sa relation avec la sœur de Kaede Kayano, et le rôle du docteur Kōtarō Yanagisawa.

Naoto a été ignoré par les autres. Pendant ses années d'école, Chihiro a été la première personne à l'appeler par son nom. Naoto rêve de la revoir et tente de la retrouver. Finalement, après 11 ans, il la retrouve, mais elle est désormais une personne totalement différente. Naoto devient obsédé par elle. Naoto se faufile chez elle et reste sous son lit.

Votre boss vous harcèle ? Vos collègues vous épuisent ? Vous ne voulez plus retourner au bureau ? Vous n’imaginez pas ce que traversent Yoshikawa et ses collègues ! Car, en plus des galères, ils sont piégés dans une boucle temporelle... qui recommence chaque lundi ! Entre deux rendez-vous client, réussiront-ils à trouver la sortie ?