Makoto Yuki est un jeune lycéen qui retourne vivre à Port Island, ville qu'il a quitté dix ans auparavant. Étant orphelin, il est transféré dans les dortoirs Iwatodai qui appartiennent au lycée Gekkoukan dans lequel il sera dorénavant étudiant. Le soir de son arrivée, il fait la rencontre d'un étrange garçon qui lui demande de signer un contrat. Tout se passe bien durant quelques temps jusqu'au jour où durant la nuit, son dortoir se fait attaquer par des monstres. C'est ainsi qu'il découvre que les seuls élèves du dortoir ont la possibilité d'invoquer leurs Persona, une entité représentant leur inconscient. Il apprendra alors plus tard que sa Persona lui permet de combattre ces monstres appelés « Shadow » qui n'apparaissent que durant la « Dark Hour ». Une heure située entre 00h00 et 01h00 dans laquelle seules des personnes avec le potentiel d'invoquer leurs Persona peuvent y être actifs, la plupart de la population se transforme alors en cercueil.

Alors que l'équipe des S.E.E.S doit affronter toujours et encore des « Shadows », ils doivent malheureusement faire face à la mort de proches. Cela leur permettant d'être plus fort, les S.E.E.S sont plus déterminés que jamais à en finir avec la « Dark Hour ». C'est à ce moment-là que Makoto fait la rencontre d'un élève plutôt mystérieux du nom de Ryoji Mochizuki, un tout nouvel élève transféré dans sa classe.

Suite aux révélations qui ont été faites de la part de Ryoji, les S.E.E.S doivent faire un choix très difficile qui semble n'avoir pourtant qu'une seule issue. Le moral est au plus bas, mais Makoto décide de prendre les devants avant que le monde ne disparaisse…

Baddack est devant Freezer, qui envoie sa boule de feu sur la planète Vegeta. Baddack est emporté dans la boule de feu. Plus tard, il se réveille sur une planète qu'il n'a jamais visitée mais qui ressemble curieusement à la planète Vegeta...