Natsu et ses amis partent exécuter un petit boulot. Mais, à cause d’une erreur de la part de Lucy, la mission est un échec. Sur le chemin de retour vers son appartement, Lucy rencontre une fille nommée Éclair, écroulée au sol. Cette fille, accompagnée d’un oiseau nommé Momon, a, semble-t-il, perdu la mémoire et tout ce dont elle se rappelle est qu’elle doit livrer la moitié de la pierre de Phœnix, en sa possession, quelque part. Les ennuis ne tardent pas à arriver pour Fairy Tail. En effet, la garde d’un prince capricieux convoite la pierre qu’Éclair possède. La guilde est pratiquement détruite et Éclair est enlevée. La guilde Fairy Tail ne tarde pas à partir au secours de la demoiselle et à s’engager dans des combats difficiles contre les quatre gardes… au prix d’un sacrifice.

« Mon objectif est détruire ce monde ! » Shin perd le contrôle de son Geass. Akito est résolu à l'affronter dans un ultime combat fratricide. L'unité wZERO a certes réussi à réduire les troupes euro-britanniennes de deux tiers grâce à la bombe larguée par Yukiya, mais elle est toujours en position de faiblesse, recluse dans le château de Weisswolf. Ashley, un ancien ennemi de l'unité, change de camp et vient leur prêter main forte. Avant de partir pour l'ultime combat, Akito coupe sa tresse et la donne à Leila. Quand les âmes sont unies, le secret de l'avenir est mis à nu. Le futur qui les attend sera-t-il celui de l'espoir ou du désespoir ? La bataille de la destinée touche à sa fin. Voici venir la conclusion de Code Geass - Akito the Exiled !

La guerre entre Britania et la République Unie d’Europia arrive à un point décisif. Tandis que le groupe terroriste de la Flotte de l’Arche sème le chaos en Europia, l’unité « W-Zero », dirigé par Akito Hyûga, contre-attaque et s’en prend au quartier général de la Flotte de l’Arche : un dirigeable géant nommé Gallia Grande. Alors que la bataille fait rage, Leila perd tout contact avec Akito. Au même moment, le Saint-Empire de Britania profite de l’absence d’Akito et de ses soldats, pour attaquer le château Weiswolf, un des points stratégiques d’Europia. Leila assiste, impuissante, à l’invasion de Shin et des Chevaliers de Saint-Michel. Va-t-il réussir à prendre possession du Château ?

Après avoir forcé l'ancien chef des chevaliers à se suicider, Shin est promu commandant des Chevaliers de Saint-Michel. Pendant ce temps, l'unité « W-Zero » tombe dans une embuscade dirigée par Shin, le frère d'Akito. Mais ce dernier parvient, grâce à son pouvoir du Geass, à repousser l'assaut adverse… Au même moment, un étrange convoi entre en gare de St Petersbourg avec à son bord un homme dont le visage reste caché. Qui est donc ce mystérieux personnage ? Akito arrivera-t-il a déchaîner son pouvoir du Geass contre son frère ?