Deux ans après les événements de Kamen Rider: THE FIRST, une série de meurtres étranges attirent l’attention de Takeshi Hongo, devenu professeur de sciences dans un lycée. Les morts sont en effet retrouvés mutilés alors qu’il semblaient écouter la pop star Chiharu avec son titre « Platinum Smile », et il se trouve qu’une des élèves de Hongo, Kotomi Kikuma, était une des meilleures amies de Chiharu et qu’elle commence a se faire beaucoup de soucis pour elle. Hayato Ichimonji quant à lui, s’affaiblit de plus en plus car son corps rejettes les implants cybernétiques qui on fait de lui Kamen Rider 2. Apres quelques péripéties, Hongo et Kotomi décident de partir a la recherche du frère aîné de Chiharu, Shiro Kazami, mais ce qu’ils ne savent pas, c’est qu’il est un Humanoid a la solde du Shocker connu sous le nom de code « V3″…

Sur le chemin de l'école, la lycéenne Nana voit un accident de train. Mais ce n'est que le début du cauchemar qui l'attend. Nana et son ami Kanae rencontrent divers phénomènes étranges, notamment des empreintes rouges et l'esprit d'une femme qui vit sur le quai de la gare.

Fujio et Mitsuo sont deux employés travaillant dans une entreprise d'extincteurs située à Edogawa, un quartier populaire de l'Est de Tokyo. La capitale nipponne est devenue une sorte de dépotoir puisqu'un gigantesque volcan nommé le 'Black Fuji' sert de décharge à la population. Les habitants y viennent pour se débarrasser de tout et n'importe quoi : des déchets évidemment, mais également des cadavres. Les corps enterrés en ces lieux étant de plus en plus nombreux, ils finissent par revenir à la vie et croiser le chemin de Fujio et Mitsuo...