Touma et Index rencontrent Arisa, une chanteuse dont les pouvoirs sont liés à un ascenseur spatial presque complet et à un mystérieux accident survenu trois ans plus tôt.

Jun TENDÔ est un jeune lycéen fraîchement débarqué dans la ville de Kyōto. Ayant perdu son père dans un accident sept ans auparavant, il vit depuis seul avec sa mère. Un jour, de retour de l'école, il est poursuivit par un démon.Réfugié dans un vieux temple, il est secouru par le légendaire Momotarō et se retrouve bientôt projeté un millénaire auparavant dans le Kyōto devenu capital du Japon et en proie à des profonds troubles. Les habitants y combattent avec ferveur les pratiquants de la magie - appelés démons - qu'ils croient responsable du retour de Yamata-no-Orochi. Une légende parle de la venue d'un être pur qui combattera le démon et Jun est accueilli comme l'enfant héros de la prophécie.Tiraillé entre les seigneurs de Kyōto et le clan des démons représenté par la jeune Mizuha, le jeune garçon devra faire des choix et répondre à cette épineuse question : les Hommes et les Démons ne peuvent-ils pas coexister ?

Asuka et Mari sont envoyées dans l'espace, pour y récupérer un mystérieux tesseract. Mais en pleine mission, elles sont attaquées par les anges de la SEELE. Soudain, les cris d'Asuka, qui se trouve en difficulté, provoquent l'éveil de la créature contenue dans le tesseract. Pendant ce temps, sur Terre, Kaworu Nagisa s'impatiente de faire enfin connaissance avec Shinji Ikari…

Quatrième et dernier volet de Rebuild of Evangelion. Misato et son groupe anti-NERV, Wille, arrivent à Paris rougie par la core-ization. L'équipage du vaisseau Wunder atterrit sur une tour de confinement. Ils ont 720 secondes pour remettre la ville sur pied. Une horde de NERV Evas apparaît et l'Unité Eva 8 améliorée de Mari doit l'intercepter. Entretemps, Shinji, Asuka et Rei flânent au Japon.

Dans le futur, un nouveau traitement psychothérapeutique nommé PT a été inventé. Grâce à une machine, le DC Mini, il est possible de rentrer dans les rêves des patients, et de les enregistrer afin de sonder les tréfonds de la pensée et de l'inconscient. Alors que le processus est toujours dans sa phase de test, l'un des prototypes du DC Mini est volé, créant un vent de panique au sein des scientifiques ayant développé cette petite révolution. Dans de mauvaises mains, une telle invention pourrait effectivement avoir des résultats dévastateurs. Le Dr. Atsuko Chiba, collègue de l'inventeur du DC Mini, le Dr. Tokita, décide, sous l'apparence de sa délurée alter-ego Paprika, de s'aventurer dans le monde des rêves pour découvrir qui s'est emparé du DC Mini et pour quelle raison. Elle découvre que l'assistant du Dr. Tokita, Himuro, a disparu…