À la fin du 25ème siècle, une guerre nucléaire a ravagé notre planète. Les quelques trop rares survivants sont condamnés à vivre sur des îles. Malgré toutes ces erreurs commises par l'homme de par le passé, subsistent encore des humains dignes de ce nom, notamment un vieil homme et un petit garçon répondant au nom de Conan. Le premier s'occupe des maigres plantations de l'île, tandis que le second part toute la journée à la pêche. Venir à bout d'un requin blanc n'est pas à la portée de tout le monde ! pourtant cela fait partie des principales distractions de ce brave garçon. C'est après avoir abattu le cruel poisson qu'il rencontre Lana, une fillette échouée sur la plage.

Hitomi, jeune lycéenne possédant le don de cartomancie, est téléportée malgré elle sur la planète Gaïa où elle fait la connaissance du roi Van Fanel du royaume de Fanélia et du chevalier Allen Schezar du royaume d'Astria. Tous deux luttent contre l'empire Zaïbacher à bord de leurs guymelefs : Escaflowne et Sheherazade. Hitomi se retrouve alors au cœur du conflit.