Avec l'apparition soudaine de monstres appelés "Dragons", le monde a connu de nombreux changements. Du côté des humains est apparu de nombreuses filles qui possèdent le pouvoir des "Dragons". Elles sont appelées "D". Bien que les garçons ne soient pas censés posséder ce genre de pouvoir, il existe une exception en la personne de Mononobe Yu. Il se retrouve dans l'obligation d'intégrer secrètement Midgar, l'académie qui forme ces filles spéciales. En ces lieux, il se retrouvera face à une de ces filles alors nue : Iris. Il découvrira également que Mitsuki, sa soeur qu'il n'a pas vu depuis de longues années est inscrite dans cette académie !

L'histoire se déroule au Japon mille ans après notre ère. Cinq enfants, Saki, Satoru, Maria, Mamoru, et Shun sont nés et ont grandi dans une petite ville tranquille qui peut-être décrite comme une utopie. Le monde est gouverné par des gens qui ont la puissance des dieux. Après un certain incident, Saki et les autres réalisent la vraie nature de leur monde. Les cinq enfants se lancent dans une aventure dangereuse pour protéger leurs amis et tout un monde qui est sur le point de s'effondrer.

Suite à la découverte d'un portail entre le Japon et le Saint Empire Eldant, le gouvernement japonais a recruté le jeune Shinichi Kanou comme ambassadeur afin de renforcer les relations entre les deux mondes. Ce dernier devra présenter et défendre la culture japonaise mondialement connue à travers les mangas, les animes et les jeux vidéos !

L'histoire tourne autour des lycéennes qui découvrent l'attrait des motos. Sakura Hane est une étudiante du secondaire qui ressemble un peu à un airhead. Sur le chemin de son lycée féminin, un jour, elle est fatiguée d'escalader une route vallonnée avec une bicyclette, mais elle voit une fille nommée Onsa Amano qui fait du vélo. Sakura s'intéresse immédiatement aux motos, et elle et Onsa rejoignent le club de moto de l'école. Ensuite, Sakura entreprend d'obtenir sa licence.

Une mystérieuse flotte de navires surarmés appelée « La Flotte du Brouillard » est soudainement apparue dans toutes les mers du monde. L’humanité n’ayant pas la technologie nécessaire pour rivaliser contre une telle flotte, s’est retrouvée chassée des mers… 17 ans après la défaite de l’humanité, Gunzou Chihaya et son équipage, à bord du I-401, partent affronter la flotte du brouillard avec l’aide de l’intelligence artificielle, Iona.

Takezo, est le dernier élève du club de Koto (instrument à cordes japonais) de son lycée. Le club risque la fermeture s'il ne trouve pas de nouveaux membres. Un jour, un élève du nom de Kudo Chika, débarque dans le club et demande à s'inscrire. Le souci ? C'est un délinquant notoire dont même les élèves d'autres écoles connaissent la réputation…