Un soir, le jeune héros Mario joue plusieurs heures à sa Famicom (nom japonais de la Nintendo Entertainment System). Luigi, qui ne parvenant pas à lui faire arrêter, va se coucher. Mario voit dans sa télévision une princesse. Cette dernière cherche à s'évader en combattant certains ennemis et sort alors de la télévision pour éviter le mal, mais ses ennemis finissent tous par sortir en attaquant Mario et la princesse. Elle se présenta comme étant Peach, princesse du Royaume Champignon, et Mario en tomba amoureux. C'est alors que Bowser, roi des Koopas, fit sa première apparition, en combattant Mario qui était effrayé par Bowser mais il est heureusement soutenu par les encouragement de Peach. Malheureusement, Mario échoue et Bowser capture Peach et rentra dans la TV. Énervé par sa défaite contre Bowser et par Luigi qui en revenant se moquait de lui car il parlait de Peach en secouant la télévision, Mario voit un bijou assez étrange et le ramassa.

Le jardinier Moustache a découvert une chose merveilleuse : Tistou, son jeune élève, a les pouces verts. Aves des roses à l’hôpital, du chèvrfeuille sur la prison, la ville est transformée. Mais que se passera-t-il si les canons de Monsieur Père disparaissent sous les églantines ?