Une jeune fille dénommé Yakumo se réveille d'un sommeil long de cinq cent ans. Celle-ci part à la recherche d'un endroit appelé Shinzo, le dernier endroit où les êtres Humains ont pu trouver refuge face aux Enterrans qui ont pris contrôle de la Terre et l'on rebaptisé Enterra. Yakumo est la dernière représentante des Humains qui ont été tués par les Enterrans après s'être rebellé contre leurs maîtres suite à l'écrasement d'une météorite sur la Terre. Au moment où la météorite percuta la Terre, deux fragments de celle-ci s'échappa pour atterrir dans le corps de Mushrambo, qui le changea en joyaux (dénommé joyaux de Koras) et fut donc divisé en trois parties qui fut ramassé par trois Enterrans, et dans le corps de Yakumo qui à se moments la devint l'élu qui sauvera Enterra.

Lors d'une visite scolaire dans la Tour de Tokyo, Hikaru, Fuu et Umi, collégiennes de quatorze ans, se retrouvent soudainement dans un monde mystérieux appelé Céphiro. Ce monde de Céphiro, dans lequel tout est déterminé par la volonté, est menacé de destruction. La princesse Émeraude, pilier du monde, a été séquestrée par Zagato, et ne peut plus prier pour la paix de Céphiro. Utilisant sa magie, la princesse Émeraude a donc appelé d'un autre monde trois personnes, qui devront devenir les légendaires Magic Knights et sauver le monde de la destruction en utilisant les Epées d'Escudo de Presea et les pouvoirs des Dieux-Runes ou demo-robot dans le manga, de gigantesques robots géants dotés d'une vie et d'une conscience propres.