47 ans se sont écoulés depuis l'apparition de Godzilla et aujourd'hui, le grand monstre est de plus en plus considéré comme une simple légende. Mais d'étranges disparitions de navires commencent à se produire et bientôt, leur origine ne fait plus de doute : Godzilla est de retour pour réduire le Japon en miettes. Au même moment, Yuri, une jeune journaliste, rencontre un vieux prophète qui lui annonce que le combat ultime pour la survie du pays est sur le point de commencer. Car cette fois, le Japon n'est pas sans défense face au roi des monstres : Baragon, Mothra et King Ghidorah, ses monstres protecteurs, vont sortir de leur sommeil pour tenter de le vaincre. Et personne ne sortira indemne de la « battle royale » qui s'annonce...

300 ans après notre ère, la Terre vit meurtrie des blessures causées par l'inconscience de l'homme. Le monde est désormais dominé par la toute puissance des esprits de la forêt qui infligent à l'humanité leur colère pour les souffrances passées. Dans ce nouveau monde, coexistent deux cités : Ragna, qui œuvre pour le retour de la civilisation, et la Cité Neutre, qui prône l'harmonie avec la forêt. Mais le destin s'en mêle lorsqu'Agito réveille par hasard Toola, une jeune fille du temps passé, conservée mystérieusement dans un sanctuaire interdit. Le fragile équilibre qui régente cette Terre est à nouveau menacé par l'apparition de celle à qui le passé a confié une mission : Toola.

Il y a 20 ans au Japon, les Ultra Kyodai (Kyodai = frères, ici Ultraman 1er du nom, Seven, Jack et Ace) ont combattu un monstre sanguinaire. Les Ultraman ont été capables de vaincre ce monstre après une longue bataille. Cependant afin de sceller l'animal, ils ont du abandonner tout leur énergie, et par la même occasion leur capacité de transformation. Il se sont alors installés sur Terre tels des humains normaux.20 ans plus tard, des forces extraterrestres essaient de libérer ce monstre sur Terre, Ultraman Mebius appelle alors les Ultra Kyodai à la rescousse.

Après que l’Inspecteur Aoshima a été promu chef de section, il se voit confier huit cas en même temps dont un assassinat, une menace à la bombe et une piraterie de bus. Et les complications iront en s’accentuant pour l’inspecteur et son équipe...

On retrouve Jimmy et son Typhlosion dans leur voyage Pokémon. Non loin d'ici, Attila et Hun arrivent sur une base de la Team Rocket pour voir le cristal miracle. Cette invention peut stocker de l'énergie électrique et attirer les Pokémon Électriks. Jimmy rentre dans un Centre Pokémon et retrouve son amie Marina, En ressortant du bâtiment, ils rencontrent la Team Rocket avec le cristal miracle. Attila et Hun l'utilisent pour attirer tous les Pokémon électriques et capter leur énergie. Avant que Jimmy et Marina ne puissent les arrêter, un autre coup de foudre signale l'arrivée du légendaire Raikou...