Go! Princess PreCure se déroule dans un collège avec internat, appelé Noble Academy. La protagoniste, Haruka Haruno, est une élève de première année âgée de 13 ans. Son grand rêve est de devenir une princesse un jour, car elle a admiré une princesse dans un livre d'images qu'elle a gardé depuis son enfance. Un jour, elle se transforme en Cure Flora grâce à la "Dress Up Key" que le Prince Kanata du Hope Kingdom lui a donné comme porte-bonheur quand elle était petite. Elle retrouve ensuite d'autres Pretty Cure dans son école, Minami Kaidou, 14 ans, en Cure Mermaid et Kirara Amanogawa, 13 ans, en Cure Twinkle. En tant qu'équipe Princess Pretty Cure, avec deux fées Pafu et Aroma, elles se battent contre la sombre sorcière Dyspear, qui déteste tous les rêves du monde et veut les transformer en désespoir.

L'histoire se concentre sur Nayu, une petite collégienne qui choque ses camarades de classe à la rentrée des classes en portant une culotte en dentelle noire. Elle aime cette sorte de sous-vêtements et elle essaye "d'étendre le mot sur les mérites de ses sous-vêtements" via un club de sous-vêtements avec ses camarades de classe, qui s'inquiètent du développement de leur corps, et quels sous-vêtements choisir.

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Sur une île en forme de croix, au sud du Japon, existe de mystérieuses ruines souterraines dans lesquelles se cachent de gigantesques robots humanoïdes nommé "Cybodies". Dans l'ombre, un groupe appelé "Order of the Glittering Star Cross" kidnappe une jeune fille du nom de Wako Agemaki et surnommée "shrine maiden". Leur but : rompre le sceau grâce à Wako qui est la clé pour activer ces robots. Takuto Tsunashi est un jeune garçon, nouveau sur l'île, venu avec son propre Cybody pour sauver Wako. La lutte pour découvrir le secret des ruines débute.

Shouta, un jeune homme de 25 ans sans emploi et sans diplôme, va à une réunion d'anciens élèves où il se fait humilier par ses anciennes camarades de classe. Un mystérieux accident lui permet de revenir en arrière, à l'époque où ils étaient à l'école, en pleine séance de piscine... L'occasion pour Shouta de se venger à sa manière...

Kakeru Satsuki, dont la sœur aînée est morte quelques années plus tôt, tente de mener une vie normale en compagnie de son amie Yuka Minase. Pas évident, car le souvenir du drame est encore vif dans son esprit. Un jour comme les autres, paralysés par une douleur aussi violente que soudaine, ils se retrouvent téléportés dans une autre dimension où le ciel et la lune sont teintés de rouge. Rapidement, une horde de monstres les attaquent, et la lutte pour la survie commence. Ils découvriront qu'ils ne sont pas seuls : d'autres élèves possédant des aptitudes hors du commun sont dans la même situation qu'eux. Afin de protéger Yuka, Kakeru décide d'apprendre à se battre auprès d'eux, car les gardiens de cette « Nuit Rouge » semblent bien décidés à éliminer ces jeunes gens qu'ils appellent Fragments.

Six mois après le décès de son grand-père et tuteur, Mizuho se voit obligé de se travestir afin d'intégrer l'école Seiô. En effet, devenir élève dans cette prestigieux établissement, fréquenté par sa mère avant lui, était la dernière volonté du défunt aïeul. Personne ne doit bien sûr découvrir ce secret, et seuls Mariya, son amie d'enfance, Hisako Kajiura, son professeur, et la mère supérieure sont dans la confidence. Mais comment faire quand on est un homme depuis son enfance, qu'on lève la cuvette quand on va aux toilettes et que l'on parle de soi en utilisant le terme boku ? Le pari est d'autant plus difficile que la présidente des élèves, Takako, voit d'un mauvais œil la popularité grandissante de notre héros. Popularité qui va lui permettre de concourir au titre d'Elder (sorte de Miss parmi les troisièmes années de l'école) avec l'aide de ses nouvelles amies Shion, Yukari et Kana…