Le 1er avril 2011, Kamen Rider OOO se retrouve en train de combattre trois Mole Imagin , ignorant qu'ils sont Imagin jusqu'à ce qu'Ankh arrive pour confirmer que les monstres ne sont pas des Yummies. Les trois Imagin voient un garçon et sautent sur lui pour s'échapper dans le temps avant que le DenLiner n'apparaisse soudainement. Kotaro Nogami et Teddy émergent du train pour localiser la destination de Mole Imagin le 11 novembre 1971, confus sur la façon dont les souvenirs du garçon dépassent cette époque. Quand Ankh demande des réponses, Teddy explique qui lui et Eiji Hino sont à Kotaro, qui se présente alors en expliquant leur mission pour faire face à l'escroc Imagin qui perturberait l'écoulement du temps. Ankh demande à Eiji de rejoindre le DenLiner alors qu'il remonte le temps, averti par le propriétaire du DenLiner de rester dans le train afin de ne pas perturber le temps.

Plus rien n'intéresse Okazaki Tomoya, jeune lycéen partagé entre une vie scolaire monotone et un foyer inhospitalier, jusqu'au jour où il fait la connaissance de Nagisa Furukawa. Touché par sa naïveté et son côté imprévisible, il décide de l'aider à concrétiser son projet. Ils rencontreront alors des filles toutes plus étranges les unes que les autres avec lesquelles ils se lieront d'amitié. Mais quel lien existe t-il entre leurs histoires et celle de la jeune fille prisonnière d'un monde inhabité dont personne ne parle mais que tous semblent connaître ?