Ghost in the Shell : Arise est un ensemble de 4 films qui racontent l'histoire de Mokoto Kusanagi et de comment elle a rejoint la section 9. On la découvre plus jeune, depuis sa précédente occupation jusqu'au recrutement de l'ensemble des membres de son équipe. Celui ci est la suite directe de Ghost in the Shell: Arise - Border

Nous sommes en 2027 soit un an après la fin de la guerre-non nucléaire. Une ville relativement paisible appelée New Port est attaquée par des terroristes. L’armée japonaise décide de répliquer en postant son armée en plein cœur de New Port. Mais les terroristes frappent à nouveau. Une enquête est ouverte par le gouvernement nippon et celle-ci est confiée à la section 9 dirigée par Daisuke Aramaki. Afin de renforcer son effectif, le leader de la section 9 a intégré à son équipe un nouveau membre : une jeune demoiselle répondant au nom de major Motoko Kusanagi.

Kusanagi et Bâto enquêtent sur les agissements d'une organisation terroriste dont le symbole est une Scylla. Togusa enquête de son côté sur le meurtre d'un homme qui transportait des jambes artificielles fabriquées par la Mermaid's Leg corporation.

Mars 2029. Dans un monde en phase de cybernétisation accélérée, les Etats souverains sont désormais dépassés par les flux d'informations et affaiblis par l'émergence de nombreux groupuscules se livrant une lutte de pouvoir effrénée. Le Premier Ministre du Japon est alors brutalement assassiné. Motoko Kusanagi, une cyborg d'élite à la tête de la Section 9, est chargée de découvrir la vérité. Une enquête très dangereuse sur les traces d'un cyber-virus d'une ampleur sans précédent l'emmènera à questionner ses origines ainsi que le rôle grandissant de la technologie dans un monde encore vulnérable..

Kusanagi et toute la section 9 doivent débusquer un terroriste connu sous le nom de "Fire Starter" qui libère un virus affectant les cyber cerveaux.

Tokyo, 2036. Une découverte médicale révolutionnaire vient de faire son apparition. À l'aide de nanomachines, les êtres humains sont désormais promis à une espérance de vie dépassant les 120 ans, libérés de toutes maladies. Une promesse idyllique... pour la poignée de nantis pouvant y accéder. Disparités sociales toujours plus grandes, décadence éthique et morale, pollution... L'envers du décor suggère une évolution de l'humanité bien plus sombre.

Trois années se sont écoulées depuis que Casval, Artesia et Jimba ont fui vers la Terre et se sont réfugiés dans le château de Don Teabolo, un aristocrate et un ami de confiance des Deikuns, en Andalousie, en Espagne; Teabolo adopte les enfants et les renomme respectivement Édouard et Sayla. Après que Jimba soit tué dans une attaque à l'assassinat par des mercenaires embauchés par Kycilia Zabi, le groupe Yashima, dont le président est un bon ami de Teabolo, propose de reloger Teabolo et ses enfants à Texas Colony à Side 5: Loum. À leur arrivée, les enfants rencontrent Char Aznable, qui ressemble étrangement à Édouard. La tragédie frappe les enfants quand ils reçoivent le mot que leur mère Astraia est morte. Après la mort de Lucifer, Édouard fait ses adieux à Sayla avant de se rendre à l'académie militaire de Loum. Pendant ce temps, Dozle Zabi invite Ramba Ral à participer à un projet de développement top secret qui changera le visage de l'armée de Zeon pour toujours.

Le 3 janvier U.C. 0079, la Principauté de Zeon déclare la guerre à la Fédération de la Terre et massacre le gouvernement anti-Zeon de Side 2 « Hatte ». Dans le même temps, une force d'assaut mobile dirigée par Kycila capture les villes lunaires de Grenade et Von Braun. Le 16 janvier, la colonie se sépare en trois composantes lors de l'entrée atmosphérique et détruit le sud-est de l'Australie, le sud-ouest du Canada et la majeure partie de l'Asie de l'Est, entraînant la disparition de la moitié de la population mondiale.

Après le succès de la rébellion de l'aube, Degwin négocie avec le vice-amiral Revil pour le retrait complet des forces de la Fédération du côté 3 afin d'empêcher que de tels incidents ne se reproduisent. Dans la ville terre de Manaus, Char atterrit un travail en tant que pilote de travailleur mobile à Jaburo. Pendant son séjour, il rencontre une jeune Lalah Sune et la sauve des hommes qui l'avaient vendue. Pendant ce temps, Tem Rey apprend l'avancement du Projet MS de Zeon et de la défection soudaine du Professeur Minovsky à la Fédération. Cependant, alors qu'il se rendait à Von Braun, Minovsky est tué au cours d'une bataille entre l'escadron de poursuite mobile de Ramba Ral et les nouvelles unités RCX-76 Guncannon de la Fédération, mais inefficaces. Suite à l'incident, Tem présente son projet RX-78 à Anaheim Electronics comme une solution plus efficace aux combinaisons mobiles de Zeon.

Le champ de bataille s’est déplacé à Loum, et un affrontement entre les flottes de Zeon et de la Fédération Terrienne est sur le point de se déclencher. Char Aznable, jeune pilote des forces de Zeon, bâti alors sa renommée sur ses exploits remarquables aux commandes de son Mobile Suit Zaku rouge. Il est désormais surnommé la « Comète Rouge ».

Le tournoi interlycées national approche à grands pas, et les six membres du club de GRS masculine du lycée Ao se préparent à donner le meilleur d'eux-mêmes.

Le meneur de jeu de Shohoku, Ryota Miyagi, joue toujours intelligemment et à la vitesse de l'éclair, contournant ses adversaires tout en gardant son sang-froid. Né et élevé à Okinawa, Ryota avait un frère aîné de trois ans de plus. Sur les traces de ce dernier, joueur local célèbre dès son plus jeune âge, Ryota est également devenu accro au basket. En deuxième année de lycée, Ryota fait partie de l'équipe de basket-ball du lycée Shohoku, aux côtés de Sakuragi, Rukawa, Akagi et Mitsui, et participe au championnat national inter-lycées. À présent, ils sont sur le point de se mesurer aux champions en titre, les joueurs du lycée Sannoh Kogyo.

Loid est un espion. Yor, une tueuse à gages. Ensemble, ils mènent une double vie en jouant le rôle du père et de la mère d'une famille parfaite. Ce qu'ils ignorent, c'est que leur fille adoptive, Anya, connaît leurs secrets grâce à son don de télépathie. Un beau jour d'hiver, Loid se sert de sa couverture pour partir en week-end avec sa famille afin de prendre part, en parallèle, à une mission liée à l'opération Strix. Malheureusement, Anya se retrouve mêlée par erreur à cette dernière et devient l'élément déclencheur d'un conflit qui menace la paix dans le monde !

Alors qu'un garçon courageux, mais dépourvu de pouvoirs magiques, rêve de devenir empereur-mage, quatre anciens empereurs-mages reviennent pour anéantir le royaume de Clover.

En l'an 2026, deux ans après avoir été libérés de S.A.O, Kazuto et ses amis survivants profitent enfin de jours paisibles. Récemment, la réalité augmentée est devenue possible grâce à l'Augma, et avec cette mode vient son lot de modifications du quotidien. Un nouveau jeu émerge "Ordinal Scale" qui devient rapidement si populaire que la réalité virtuelle s'en trouve délaissée. Kazuto, de nature peu athlétique, ne semble pas motivé par la réalité augmentée, mais c'est alors que d'anciens boss de S.A.O font leur apparition... Et d'autres fantômes du passé menacent de ressurgir...

En 2022, une panne de courant plongea la côte ouest des Etats-Unis dans les ténèbres.

Motoko et son équipe se rapprochent enfin du courtier de Fire-Starter, mais les choses deviennent tendues lorsqu'on leur demande de jouer un rôle en retrait dans une opération d'infiltration.