L'histoire se déroule quelque part dans les années 2020, onze ans après l'introduction des visières et lunettes de Réalité Augmentée (RA). Yūko Okonogi déménage avec sa famille à la ville de Daikoku, le centre technologique du monde mi-virtuel mi-réel. Elle rejoint l'« agence d'enquête » de sa grand-mère, formé d'enfants équipés d'outils virtuels et metatags puissants. Elle croise peu après Yūko Amasawa, une hacker experte de l'environnement virtuel qui cherche les pouvoirs d'une entité virtuelle mystérieuse appelée Michiko. Les protagonistes sont menés à démêler les mystères du monde virtuel dans l'ombre d'un hacker très puissant étant passé avant eux.

En tombant du haut de son école, Alice est envoyée dans un autre monde qui est régi par des sorcières. Mais à peine arrivée, elle est arrêtée pour avoir dérangé la capture d'un esprit. Durant son incarcération, Alice fait la connaissance de deux autres sorcières : Sheila et Eva. Elle apprend par la même occasion qu'elle peut utiliser la magie dans ce monde. En voulant améliorer la vie de ses deux amies, Alice ne déclenche que catastrophes sur catastrophes. Commence alors une longue quête, pour Alice et ses amies, visant à réparer les dégâts causés par la jeune sorcière.

Kino no Tabi raconte l'histoire du voyage d'une jeune fille s'appelant Kino et de sa moto parlante se nommant Hermes. Durant ce voyage, les deux héros découvriront que le monde qui les entoure n'est pas si bien qu'il n'y parait, mais que paradoxalement ces défauts le rendent beau...

De mystérieuses créatures ont colonisé la Terre en prenant possession de certains habitants. Un lycéen, Shin’ichi, a été contaminé, mais son cerveau est épargné. Seul son bras droit est possédé par un parasite, Migi, qu'il apprend peu à peu à connaître. Tous deux doivent désormais cohabiter, mais dans le même temps, Shin’ichi comprend que la prolifération des parasites menace, à terme, l’espèce humaine.

Natsume Takashi a la capacité de voir des esprits, qu'il a longtemps gardé secrète. Cependant, une fois qu'il hérite d'un livre étrange qui appartenait à sa grand-mère décédée, Reiko, il découvre la raison pour laquelle les esprits l'entourent.