Quatorze ans après la catastrophe nommée "Hammer of Eden" (Marteau du Paradis) qui a engloutit 90% des terres et tué 6 milliards d'êtres humains, les hommes ont fondés les Nouvelles Nations Unies. Aoi, la secrétaire générale des ces Nations Unies demande aux dirigeants des pays une coopération universelle. A Yabitsu, Keel, un jeune garçon turbulent parle avec son amie Isla, une jeune femme enceinte, quand tout-à-coup, un sous-marin nucléaire, l'Ulysse, commandé par Gould, déçu par la race humaine, déclare la guerre aux Nouvelles Nations Unies et attaque la ville. Alors qu'on ordonne l'évacuation, Isla a des contractions. Un jeune homme, Teen, portant l'uniforme des membres de l'Ulysse, aide à l'accouchement et leur donne son insigne pour leur permettre de s'enfuir.

Angleterre, à l'époque Victorienne. Un certain William Jones rend visite à son ancienne gouvernante dont il n'a pas de bons souvenirs. Là, il rencontre Emma. C'est le coup de foudre. Cette rencontre imprévue va bouleverser leurs vies. Mais les classes sociales étant bien définies au XIXe siècle, il est inconcevable pour un jeune homme de la haute bourgeoisie de fréquenter une servante (Emma en l'occurrence). Leur amour survivra-t-il aux foudres de la société, si injuste soit-elle ?