L'action se déroule à Paris et l'inspecteur Zenigata vient d'apprendre que le trésor des Bourbons vient d'être dérobé par Lupin ! Il s'en va immédiatement à sa poursuite et découvre à sa grande surprise que le conducteur du camion contenant les bijoux volés n'est pas Lupin. En effet, il s'agit d'une jeune femme blonde dont on apprendra plus tard le prénom, Becky. Toutefois, la bande à Lupin, n'ayant pas l'intention de se faire griller au poteau par une inconnue, décide de lui reprendre le trésor. Lupin pense avoir réussi son tour de force, malheureusement il se fait kidnapper en plein vol ! Il ne connaît rien de son ravisseur, à part qu'il fume des Gauloises et qu'il exige de notre gentleman cambrioleur le vol d'un bijou maudit (maudit parce que tous les voleurs qui l'ont eu entre les mains sont morts), le Bull's Eye. Pire, si il n'obtempère pas, il verra mourir sa bien-aimée Fujiko, dont il découvre ainsi la captivité.

Cinq ans après avoir survécu à la guerre entre les Sanno et les Hanabishi, deux grandes familles du crime organisé japonais, l’ancien chef Yakuza Otomo travaille maintenant en Corée du Sud pour M. Chang, un intermédiaire de renom dont l’influence s’étend jusqu’au Japon. Un incident mineur va mettre le feu aux poudres, provoquant une lutte de pouvoir féroce parmi les plus hauts gradés de la famille Hanabishi. Lorsque la vie de M. Chang sera mise en péril, le dévoué Otomo reviendra au Japon pour régler les choses à sa façon…

A Singapour, Conan enquête sur un meurtre perpétré dans un hôtel de luxe. Les premières pistes mènent alors le détective sur les traces du Blue Sapphire, un joyau disparu au fond de l'océan durant 19ème siècle lors d'un tragique naufrage.

L'Île dérivante, la nouvelle île au trésor visée par Lupin et sa bande, abriterait le trésor national du royaume du Zufu, aujourd'hui sous la coupe du régime dictatorial du général Kubikari. Ce dernier tient le pays d'une main de fer et cherche à mettre la sienne sur le trésor de l'Île dérivante. Une rumeur faisant état que la fille du défunt roi serait la clé pour parvenir jusqu'au trésor, Kubikari la garde recluse jusqu'à ce qu'elle vienne à accepter de collaborer avec lui. Lupin tente alors d'enlever la princesse, mais son plan échoue : la princesse a échangé son rôle avec une agente secrète répondant au joli nom d'Oleander (Ole pour les intimes). Une stratégie remarquable mise au point par le redoutable inspecteur Zenigata, qui vient de débarquer au Zufu…

Le monde est en grand danger ! Considérant les Alters comme un fléau, l’organisation Humarise a décidé d’éradiquer les détenteurs de ces pouvoirs de la surface du globe. Pour ce faire, elle a placé des bombes exacerbant les Alters, jusqu’à en tuer leurs possesseurs. Tous les super-héros et les apprentis de Yuei sont envoyés à travers le monde pour éviter la catastrophe. Alors que Deku, Katsuki et Shoto suivent Endeavor pour endiguer la menace, Deku se retrouve accidentellement impliqué dans un incident et activement recherché par les autorités. Mais l’horloge tourne et ils n’ont que deux heures avant que ne se produise le pire. Face à un péril d’une ampleur sans précédent, le sort du monde et celui des héros repose désormais entre leurs mains !

Quatre ans après la mort de Shogo Makishima et la disparition de Shinya Kogami, le gouvernement japonais commence à exporter la technologie du « Système Sibylle » vers d'autres pays, la déployant dans le monde entier. Un état au milieu d'une guerre civile, SEAUn (the South East Asia Union, prononcé « Shian »), apporte le système Sibylle comme une expérience, et la ville côtière de Shambala Float atteint une paix et une sécurité temporaire. C’est alors que des terroristes de SEAUn apparaissent au Japon, se glissant à travers le système Sibylle et l'attaquant de l'intérieur, menant Akane Tsunemori et son équipe à Shambala Float (basé au Cambodge) pour enquêter.

Dans un temple de Tôkyô, trois hommes se réunissent secrètement lorsque surgit subitement une ombre noire portant un masque d'Okina qui les élimine un à un, à l'aide d'un arc et d'une épée. Au même moment, à Osaka et Kyôto, deux meurtres sont également commis. L'enquête des forces de police démontre que ces cinq individus appartient à un même groupe de voleurs appelé "Genjibotaru", qui ont déjà sévi dans les villes de Tôkyô, Osaka et Kyôto, dérobant divers objets et œuvres d'art. La police, elle, ne parvient pas à trouver le mobile de ces différents meurtres : vengeance ? conflits internes ?

Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodéfense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X").