Un violent combat explose dans l’espace ! Celui qui arrête les Gokaigers n’est autre que le légendaire Shérif de l’Espace, Gavan ! Maintenant que le plan des Zangyack qui consiste à faire accuser les Gokaigers à leur place pour leurs actes maléfiques tombe à l’eau, les Gokaigers ne devraient plus rien avoir à craindre des Shérif de l’Espace… Mais ils ont été infiltrés par Zangyack ! Gavan, réalisant qu’il est l’objet d’une conspiration, est capturé par un avatar maléfique de lui-même, Gavan Bootleg, et est emprisonné dans le Makuu Space ! Les Gokaigers s’empressent dans le Makuu Space pour aller secourir Gavan, mais l’endroit est tellement dangereux qu’ils ont peu de chances de revenir sur Terre en vie… Réussiront-ils leur mission de sauvetage ?.

Suite au combat contre Belial Vamdemon, le Digital World s'est refermé et les Élus ont repris leur vie dans le monde réel. Mais un jour, Kuwagamon apparaît subitement à Odaiba. Témoin de la scène, Taichi Yagami, désormais 17 ans, le prend en chasse, seul, mais il comprend bien vite qu'il est impuissant sans son partenaire. C'est alors qu'un miracle se produit.

Les DigiDestinés se rendent dans un parc à thème de sources chaudes voisin et tout le monde s'amuse, mais Joe ne vient pas car il veut étudier pour ses examens. Un autre Digimon infecté, Ogremon, attaque Odaiba. Gomamon s'enfuit de chez lui tandis que Mimi rencontre des problèmes avec les autres DigiDestinés et ses camarades de classe à cause de ses idées égoïstes.

Après avoir vu la transformation abrupte de Meicoomon et le meurtre de Leomon, Agumon et les autres Digimon sont maintenus isolés dans le bureau de Koushiro afin de les empêcher d'être infectés, mais des signes d'infection commencent à apparaître chez Patamon.

En arrivant dans le monde numérique après le « reboot », les DigiDestinés sont poursuivis par un nouveau méchant. Pendant ce temps, Sora est troublée par l'indifférence de son partenaire Digimon à son égard.

Quelques temps après la défaite de Jinga, Ryuga et Rian doivent faire face à une nouvelle menace : une prêtresse Makai qui vole les armures des Makai Kishi pour alimenter une arche avec laquelle les Horrors pourraient devenir tout-puissants. Aidés de leurs anciens camarades Takeru et Aguri, le mystère s'épaissit quand une figure du passé revient à la vie...

Meicoomon se déchaîne après avoir vu Meiko Mochizuki se faire blesser par l'homme ressemblant à Gennai. « Il aurait mieux valu que tu ne naisses pas… » Meicoomon disparaît dans le monde réel, qui s'est depuis déformé. Possédant un pouvoir écrasant, il est la clé de la destruction du monde.

Le monde a commencé à s'effondrer. Le déchaîné Meicoomon absorbe Tailmon, qui a subi une sombre évolution, et se transforme en l'immensément puissant Ordinemon. Conformément aux prévisions d'Yggdrasil, le monde réel est sur le point d'être englouti par le monde numérique. Pendant ce temps, l'homéostasie considère qu'Ordinemon est hors de contrôle et met en place son plan final qui englobera le monde réel. Le temps est venu pour les DigiDestinés de prendre une décision finale. Quel avenir choisiront-ils pour eux-mêmes ?

Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance. Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux phénomènes. Ils leur expliquent qu’Eosmon, un Digimon inconnu, serait à l’origine de tous ces incidents. Ensemble, ils décident d’unir leur force pour l’affronter dans une terrible bataille. Mais l’issue du combat révèle une vérité bien difficile à admettre : lorsqu’un enfant élu devient adulte, son partenaire Digimon disparaît… La menace continue de se propager et touche bientôt les amis proches de Taichi. Ce dernier va alors se retrouver confronté au pire des dilemmes : choisir entre ses amis et son Digimon. Doit-il sauver ses amis, au risque de perdre son partenaire Digimon, son compagnon le plus cher ?

Shiratori Tatsuhiko erre sans le sou dans les rues de Shinjuku lorsque son chemin croise par hasard celui de Mako, un influent recruteur travaillant pour la société Burst qui s'occupe de placer des filles dans des bars à hôtesses, des salons de massage ou des maisons closes. Sous l'aile de Mako, Tatsuiko fait ses premiers pas dans le milieu malgré sa réticence initiale. Manque de chance pour lui, il arrive en pleine période de rivalité exacerbée entre sa boite et un concurrent, la société Harlem. La situation dégénère rapidement, d'autant que Hideyoshi, un des meneurs de Harlem, semble avoir une rancœur personnelle vis-à-vis de Tatsuhiko.