Nagisa a 17 ans et est en 2e année au lycée. Il vit seul, loin de ses parents dans la ville balnéaire de Fujisawa à Kanagawa. Passionné de surf, il travaille dans les bains publics d'une auberge de jeunesse de l’île d’Enoshima reliée à Fujisawa. Shun a le même âge que Nagisa et visite Fujisawa pour les vacances de printemps. Ils se rencontrent et développent une relation plus profonde que l’amitié. Cependant, la fille du propriétaire du magasin d’équipement de surf Chika est tombé secrètement amoureuse de Nagisa.

TOKYO MER a été créé sur ordre du gouverneur de Tokyo. Le nom du groupe signifie TOKYO Mobile Emergency Room (salle d'urgence mobile de Tokyo). Les membres sont des professionnels des soins d'urgence et ils doivent se rendre sur les sites d'accidents dangereux et de catastrophes en voiture d'urgence. Leur voiture d'urgence est un grand véhicule équipé des appareils médicaux les plus récents et d'une salle d'opération. C'est là que TOKYO MER sauve la vie des blessés.

Satoshi Itomura est méticuleux sur les scènes de crime pour appréhender les auteurs de crimes. Il cherche la solution au travers des biens de la victime. Il es mal vu par ses collègues de la première division car il mène des enquêtes sans autorisation et en dehors de toute hiérarchie. Miyuki Oda, enquêteuse débutante, va découvrir par le détective scientifique une autre manière de résoudre des crimes.

Saegusa Kento est policier et a en plus appris le profilage en autodidacte. Marqué par un passé douloureux, le suicide de son frère et l'ignorance par la police de son témoignage dans une affaire d'enlèvement suivi de meurtre, il n'a aucune confiance en la police bien qu'il en fasse partie lui-même. Un jour, alors que la fameuse affaire d'enlèvement dont il a été témoin enfant approche de sa date de prescription, Saegusa reçoit des informations via radio lui permettant de retrouver un corps en lien avec l'affaire. En continuant d'utiliser la radio, Saegusa découvre que son mystérieux interlocuteur est en fait un policier du passé qui va l'aider à enquêter sur des affaires irrésolues.

Des années après une retraite bien méritée d'une formidable vie de ninjas, une famille dysfonctionnelle doit reprendre du service pour faire face à une série de menaces.

Mano Reiji est un brillant expert de la police scientifique. Ne se laissant pas influencer par les préjugés ou les suppositions, il ne jure que par les résultats objectifs de ses analyses. Il a vécu un drame dans son enfance et continue de chercher la vérité dans cette affaire. Sawaguchi Nonna fait ses débuts dans la police scientifique. Pas vraiment prédestinée à ce travail ni très à son aise dans cet univers, la jeune femme prend finalement conscience de l'importance de sa tâche au contact de Mano dont elle brise petit à petit la carapace. Tous deux collaborent tant bien que mal avec le policer vétéran Toramaru Ryohei plus du genre à faire confiance à son instinct et à sa longue expérience.

Après avoir provoqué un incident majeur, le policier Daigo Agawa emmène sa femme et sa fille vivre dans un village de montagne isolé, appelé Kuge. L’endroit semble parfait pour se remettre de l’épreuve, malgré la disparition mystérieuse d’un précédent officier affecté là-bas. Un jour, le corps d’une vieille femme est retrouvé dans la montagne. La famille Goto affirme qu’elle a été attaquée par un ours, mais Daigo remarque une trace de morsure humaine. Il devient vite évident que tout n’est pas comme il paraît dans le village.

Bien qu'admirée à l'école pour son amabilité et ses prouesses scolaires, la lycéenne Kyouko Hori cache une autre facette d'elle-même. Ses parents étant souvent absents de la maison pour cause de travail, Hori doit s'occuper de son jeune frère et des tâches ménagères, ce qui ne lui laisse aucune chance de se socialiser en dehors de l'école. Pendant ce temps, Izumi Miyamura est perçu comme un otaku sombre, portant des lunettes. Cependant, en réalité, c'est une personne douce et inapte à étudier. De plus, il a neuf piercings cachés derrière ses longs cheveux et un tatouage le long de son dos et de son épaule gauche. Par le plus grand des hasards, Hori et Miyamura se croisent en dehors de l'école - aucun des deux ne ressemble à ce que l'autre attend. Ces opposés polaires en apparence deviennent amis, partageant l'un avec l'autre un côté qu'ils n'ont jamais montré à personne d'autre.