Le masseur aveugle Zatoichi se rend dans le village Itakura pour se recueillir sur la tombe d'un homme qu'il a tué dans des circonstances troubles, plusieurs années auparavant. Il est alors accusé à tort du vol de l'or destiné à payer les impôts de la communauté. Obligé de fuir, il trouve comme compagnon d'infortune un vieil ami, le chef yakuza Chuji, également considéré comme complice du forfait. Pour prouver leur innocence, les deux hommes vont devoir se monter rusés et démêler les fils d'une machination complexe où prend part un redoutable et énigmatique personnage, le samouraï Jushiro.

Iemon, samourai dechu, epouse une jeune fille qu'il assassine apres avoir tue son pere, pour rejoindre une belle heritiere.

Fils du vassal Takakura, le samouraï Shingo a une réputation de bretteur invincible qui lui attire les faveurs de son suzerain. Un jaloux cherche alors à désavouer Shingo en remettant en question ses origines. Mais il est accusé de diffamation et, dans un accès de rage, blesse à mort Takakura. À l'agonie, ce dernier avoue à Shingo qu'il n'est pas son vrai père et lui révèle les origines de sa naissance. Shingo devient alors un rônin (samouraï vagabond) avant d'entrer au service de Matsudaïra, un proche conseiller du shogun. Mais la guerre civile gronde et met en péril le régime shogunal…