A l'époque du déclin des samouraïs, à l'aube de l'ère Meiji. Seibei Iguchi est un samouraï de basse caste. Devenu veuf, il doit s'occuper seul de ses deux fillettes, de sa mère malade, après de lourdes heures de travail comme gestionnaire d'entrepôt. Comme il rentre toujours tôt, ses amis et voisins le surnomment "Seibei le Crépuscule". Ils lui conseillent de se remarier, mais comme il est pauvre, il devra se contenter de n'importe quelle femme.C'est alors que réapparait la belle Tomoe, son amour de jeunesse, qui a divorcé d'un mari brutal. Un soir qu'ils sont ensemble, l'ex-mari, en état d'ivresse, les surprend, et provoque Seibei en duel : ce dernier arrive néanmoins à le vaincre avec une simple épée de bois, en usant de techniques enseignées par un vieux maître.La rumeur de sa victoire se répand, et son clan le désigne alors pour mater un samouraï rebelle très dangereux...

Omine, de nos jours : un petit village perdu en pleine montagne sur l’île de Shikoku. Les habitants vivent en communion avec la nature qui les entoure, avec les esprits aussi. La famille Bonomiya passe ainsi pour être maudite depuis des générations, leurs femmes ayant, paraît-il, la faculté de garder prisonnier dans une urne l’esprit malin dénommé Inugami. Bonomiya Miki porte à présent ce fardeau sur son dos. Tout va se dérégler le jour où un jeune étranger débarque dans le village, et s’éprend de la belle Miki…

Naoya est un homosexuel replié sur lui-même, accompagné par un sentiment étrange que quelque chose manque à sa vie. Il fait la connaissance de Katsuhiro et succombe immédiatement à son charme. Tous les deux commencent à se fréquenter quand apparaît Asako, une jeune femme qui propose à Katsuhiro de faire un enfant. Naoya ne peut envisager une telle éventualité et se montre agacé par Katsuhiro, son caractère indécis et la façon dont il dissimule son homosexualité. Le frère de Katsuhiro et sa belle-soeur choisissent ce moment difficile pour leur rendre visite. Cette dernière est en effet préoccupée par le risque de dispersion des biens familiaux : elle connaît le passé d'Asako et tente de mettre un terme à sa relation avec Katsuhiro.

Un soir ordinaire dans un bar. Sai, un apprenti yakuza, a le coup de foudre pour Sheila, la petite amie du chef du clan Kurogane. Mais la belle disparaît trois jours après, pour ne réapparaître que 342 jours plus tard, déclarant que leurs destins sont liés. Sous le charme, le jeune homme décide de la suivre, malgré les risques...

Dans un avenir proche, les élèves de la classe B de 3ème du collège Shiroiwa ont été amenés sur une île déserte par une armée mystérieuse. Un adulte surgit tout à coup devant eux : leur ancien professeur Kitano. Il leur annonce qu'ils vont participer à un jeu de massacre dont la règle consiste à s'entretuer. Seul le dernier des survivants pourra regagner son foyer. Kitano leur présente deux nouveaux élèves très inquiétants. Des coups de feu retentissent pour convaincre les incrédules. Selon la loi de réforme de l'éducation pour le nouveau siècle, ce sacrifice permettra de former des adultes sains. Abandonnés chacun à son sort avec de la nourriture et une arme, les adolescents disposent d'un délai de trois jours pour s'entretuer.

Singulier tableau adolescent que ce So What : plutôt que de montrer la naissance d’une vocation de groupe, So What retrace l’extinction progressive d’une passion passagère, grâce à laquelle des étudiants comblent une absence commune de buts dans leurs dernières années d’adolescence.

Norimichi et Yusuke semblent en pincer pour la même fille, la jolie mais discrète Nazuna. Cette dernière va alors commencer à agir étrangement : ses camarades de classe ne le savent pas encore, mais les parents de la jeune fille vont divorcer, et Nazuna devra quitter l'école et la ville pour suivre sa mère. Loin de tous ces premiers désordres amoureux, le reste de la joyeuse bande commence à se passionner pour cette journée qui doit se clôturer par un feu d'artifices. Mais une question les divise : les feux d'artifices sont-ils plats ou bien ronds, lorsqu'on les observe de côté ?