Teru, Ako et Nobuo, sont les seuls survivants d’un accident du train et doivent s’organiser pour survivre dans l’obscurité et la chaleur.

2202, trois ans après la bataille contre les Gamilas, le système solaire est de nouveau en paix et la Terre a été restaurée grâce au dispositif donné par Starsha Iscandar. Un traité de paix a officialisé la fin de la guerre entre la Terre et Gamilas qui s'allient pour former une force armée intergalactique avec comme nouveau navire amiral, l'Andromeda, symbole de cette puissance militaire construit malgré les vœux de paix de Starsha Iscandar. Mais quand une nouvelle puissance, le peuple Gatlantis, commence à faire des ravages et veut conquérir l'univers, Teresa, une femme ayant d'étonnants pouvoirs, fait appel au cuirassé Yamato commandé par Susumu Kodai pour riposter à la nouvelle menace.

Gamba est un rat courageux avec un goût prononcé pour l’aventure. Un jour, il décide de partir à la découverte de l’océan avec son ami Mathéo. En chemin, ils font la rencontre de Chloé, une jeune ratte qui leur affirme que sa famille et d’autres rats ont été attaqués par une bande de belettes qui vivent sur son île. Chloé demande à Gamba et Mathéo de l’aider à vaincre les belettes, menées par le démoniaque Martial.

Prenant place après les événements de la série, les Taros et Kohana sortent du Den-Liner pour rendre visite à Ryotaro et Airi. Cependant, ils voient un mystérieux train fantôme qui était mentionné dans les légendes urbaines. Momotaros et les autres sont attaqué par deux Imagin et Kamen Rider Yuuki Skull form. Durant le combat, il est révélé que Kamen Rider Yuuki n'est autre que Ryotaro possédé par un imagin. Même avec l'aide de Kamen Rider Zeronos, les choses semblent perdues, jusqu'à ce qu'un Den-Liner bleu apparaisse avec une nouvelle figure: Kamen Rider New Den-O.

Hikaru Tsutsui est un lycéen. Il aime l'animation et les jeux vidéo dans le monde virtuel, mais n'apprécie pas la vie réelle. Les gens de son école ne savent même pas qu'il existe. Un jour, il nettoie la piscine de son école avec la belle Iroha Ikarashi. Iroha s'approche de Hikaru et lui avoue qu'elle l'aime bien.

En l'an 2026, deux ans après avoir été libérés de S.A.O, Kazuto et ses amis survivants profitent enfin de jours paisibles. Récemment, la réalité augmentée est devenue possible grâce à l'Augma, et avec cette mode vient son lot de modifications du quotidien. Un nouveau jeu émerge "Ordinal Scale" qui devient rapidement si populaire que la réalité virtuelle s'en trouve délaissée. Kazuto, de nature peu athlétique, ne semble pas motivé par la réalité augmentée, mais c'est alors que d'anciens boss de S.A.O font leur apparition... Et d'autres fantômes du passé menacent de ressurgir...