L'histoire se passe environ 25 ans après les derniers événements de Saint Seiya. Le personnage principal est le nouveau Chevalier Pégase : Kôga. Lorsque celui-ci n'était encore qu'un bébé, Athéna (Saori Kido) fut attaquée par un personnage étrange du nom de Mars. Cette apparition mis également la vie de Kôga en danger, mais il fut cependant sauvé grâce à l'intervention de Seiya, qui scella Mars. Treize ans plus tard, Kôga élevé par Athéna est entrainé par Shaina pour devenir un futur chevalier. Mais le sceau s'est affaibli et Mars, libre, se remet en quête de Saori. Pour la protéger, Kôga revêt alors l'armure de Bronze de Pégase et, avec l'aide de ses amis, part au secours de la Déesse.

Riki est un jeune orphelin qui a perdu ses parents lorsqu'il était encore enfant. Mais un groupe composé de trois garçons et d'une fille, les Little Busters va l'aider. Le chef de ce groupe est Kyõsuke Natsume qui a une petite soeur faisant également partie du groupe, Rin. Les autres membres sont Masato Inohara et Kengo Miyazawa. A force de jouer avec eux, Riki fut accepté et reconnu en tant que membre du Little Busters, jusqu'à en presque oublier la mort de ses parents. Désormais, les Little Busters sont en deuxième année de lycée, sauf le chef qui est en troisième année, et sont toujours ensembles profitant de leur vie scolaire...

L'histoire nous entraîne dans un monde où certains enfants, durant la puberté, développent des pouvoirs spéciaux. Yū Otosaka est un étudiant de première année, banal, et tout ce qu'il y a de plus normal mais… seulement en apparence car en effet, il est l'un de ces adolescents à posséder des pouvoirs, appelés ESPers. Son pouvoir lui permet de prendre possession de n'importe quel corps de son choix pendant cinq secondes. Il va par la suite faire la mystérieuse rencontre de Nao Tomori, présidente du Bureau des Élèves de l'académie Hoshi-no-Umi qui le mènera à la révélation du sort qui attend tous les détenteurs de ces capacités spéciales…

Pendant 400 ans, il y avait une famille de voleurs qui volent de l'argent et des biens notamment les articles qui ont été illégalement dérobés. Ce fameux voleur est connu seulement sous le nom de... Mouse. En fait, c'est un jeune professeur de collège nommé Muon Sorata qui est le dernier à prendre le nom "Mouse". Il est entouré par trois très dévouées et attrayantes assistantes qui l'aident à voler les oeuvres d'arts des musées.

L'histoire se centre sur Yōta Narukami, un lycéen qui passe ses journées à se préparer aux examens universitaires. Un jour, une jeune fille nommée Hina qui prétend être « Dieu » lui annonce que la fin du monde arrive dans 30 jours. Même s'il est dans un premier temps confus par les dires de cette personne, il est rapidement convaincu lorsqu'il est témoin des pouvoirs de prédictions de ce Dieu. C'est ainsi qu'Hina décide d'habiter chez Yōta pour passer ces 30 derniers jours avec lui.

La Saito est une école un peu particulière. Ici, des êtres spirituels vivent aux côtés des lycéens et le directeur de l'établissement collectionne tout un tas de babioles occultes. On suit le quotidien plutôt amusant de plusieurs élèves : Haruto Houjo, Kazumi Ryodo et Mutsuki Asahina, qui font tous partie du Holy Student Council, un club censé protéger l'école.

Le premier crossover des œuvres du studio Key. "École privée Kaginado" Pendant plus de 20 ans, ces légendaires héros intrépides, qui ont fait couler plus de larmes que le lac Biwa ne peut contenir (approximativement) chez les fans du studio Key à travers le monde, sont désormais réunis en ce lieu mystérieux… ou plutôt, utopique. Non contents des larmes de leurs fans, ces personnages phares ont finalement brisé les murs de leur monde et se sont réunis avec un objectif : profiter de leur nouvelle scolarité dans un nouveau monde.Une liberté sans limites. Une joie sans fin. Un bonheur éternel. Une histoire onirique est sur le point de commencer.

Tsutomu, un collégien moyen occupé à étudier pour les examens finaux d'entrée au lycée, rencontre un homme qui fuit quelqu'un et se retrouve pris dans la course-poursuite. Dans toute cette confusion, il se fait tuer accidentellement. Heureusement, Birdy (un agent interplanétaire) connaît un moyen de le sauver, malheureusement cela signifie rejoindre des corps pour n'en faire qu'un. Il est donc maintenant coincé avec cet agent dans son corps et part à la chasse aux criminels pour sauver des vies.

Le vieux maitre sent que le sceau maintenant en captivité les 108 étoiles maléfiques, est sur le point de se rompre. Au sanctuaire, Shaina découvre que les tombes des chevaliers d'or sont vides. Au temple du Bélier, Mu rencontre un mystérieux homme vêtu de noir qui lui ordonne de tuer Athéna dans les 12 heures. Ces événements seraient-ils le signe du début d'une nouvelle guerre sainte?