Dolls regroupe trois histoires d'amour inspirées d'un spectacle de poupées du théâtre Bunraku.Dans la première, Matsumoto et Sawako forment un couple heureux, mais les pressions exercées par leurs deux familles vont les forcer à faire un choix tragique.Dans la deuxième, Hiro, un chef yakuza, retourne dans un parc où il avait l'habitude de voir sa petite amie, et se souvient... Trente ans plus tôt, il était un pauvre ouvrier et s'est retrouvé forcé de se séparer de la jeune fille pour intégrer le milieu du crime.Dans la troisième, Haruna, dont le visage est recouvert de bandages, passe le plus clair de son temps à regarder la mer. Peu de temps auparavant, elle était une star de la musique, habituée à signer des autographes et à se montrer à la télévision. Nukui est sans aucun doute son plus grand fan et aujourd'hui, il compte bien le lui prouver.

Depuis son accident de voiture, la jeune Tsukiko est assailli par d’étranges cauchemars où elle se voit le corps couvert de sang. Son analyste lui apprend également que sous hypnose elle prononce le nom « Tomie ». Ayant eu vent de cette histoire, un inspecteur de police lui apprend que ce nom fût celui d’une étudiante assassiné quelques mois plus tôt par ses camarades.

Misa Kuroi est une jeune fille possédant des pouvoirs de sorcière, qui arrive en cours d'année dans un nouvel établissement scolaire. En ville dernièrement, les morts violentes suspectes se succèdent, selon une logique qu'un des élèves de la classe de Misa interprète comme étant une cérémonie pour invoquer Satan. Un jour, treize élèves dont Misa sont désignés par leur professeur pour rester et faire un devoir. Mais celle-ci s'éclipse et ne revient pas. Une des élèves part aux toilettes et meurt noyée, tandis qu'un groupe essaie désespérément de sortir, leurs pas les ramenant inlassablement dans l'enceinte du lycée.

Le seul salon de beauté "Permanent Wild Rose" dans un village rural de pêcheurs. Naoko est divorcée et déménage dans ce salon de beauté tenu par sa mère avec sa fille. Le salon de beauté a été transformé en un "lieu de rencontre" pour les femmes de la ville, et elles déversaient ouvertement leurs chagrins et leurs plaintes, se juraient et se riaient les unes les autres. De plus, ces deux amis n'ont pas de chance non plus, et Micchan se fait demander de l'argent par un proxénète alors qu'il dirige un pub "Filipun", et tous les hommes qui sortent avec Tomo-chan sont des hommes violents et sont abandonnés. Naoko lui-même a eu des réunions secrètes répétées avec Kashima, un professeur de lycée local. Cependant, tout en ressentant de l'affection, Naoko se sentait gêné et seul face à l'attitude de Kashima, dont il n'avait aucune idée.

Yoshiwara, quartier des plaisirs et du divertissement de la capitale Edo, l'ancienne Tokyo. Réservé à l'élite de la société japonaise, ce quartier clos est la demeure des plus grandes courtisanes de l'époque : les Oïran. Elles font et défont les tendances et la mode de l'époque, et sont aussi enviées que détestées... Parmi elles, une femme, Kiyoha, va devenir une légende sous le nom de Higurashi...