Un soir, Yumi est témoin d'un étrange incident. Son amie Yoko reçoit un message identifié comme émanant de son propre téléphone, mais daté de trois jours plus tard. Si la mélodie qui annonce l'appel lui est inconnue, Yoko reconnaît en revanche sa propre voix sur l'enregistrement : un cri d'effroi qui lui glace le sang. Elle raccroche et tente de ne plus y penser. Mais trois jours plus tard, Yoko meurt à l'heure et dans les conditions exactes du message prémonitoire. Au lycée, un événement similaire se produit quelques jours seulement après la mort de Yoko. Un élève disparaît dans des circonstances inexplicables. A chaque nouvel appel, la sonnerie et le message spécifiques annoncent une mort certaine à leur destinataire, avec la date et l'heure exactes.Yumi décide d'enquêter. D'autant que sa meilleure amie Natsumi a elle-même reçu un appel fantôme...

Trois petites histoires composent Memories. La première : « Magnetic Rose », deux voyageurs de l'espace sont aspirés dans un monde parallèle sur un astéroïde. Un monde créé par les souvenirs d'une femme. Dans la deuxième, « Stink Bomb », un jeune assistant dans un laboratoire se transforme accidentellement en un arme biologique humaine qui menace Tokyo. L'épisode final et troisième, « Cannon Fodder », relate un jour de la vie d'une ville qui a pour unique préoccupation d'anéantir ses ennemies.

Sur la planète Agerna coexistent deux nations dont les idéologies sont aux antipodes: la nation d'Edia est capitaliste, l'autre Uldas est communiste. Néanmoins elles ont cependant un point commun: elles exploitent tous les deux, le Vizorium, un métal rare et précieux qui constitue une matière première de grande qualité. Un jour des monstres attaquent et anéantissent un laboratoire de Uldas qui exploitait ce minerai.Le dirigeant de cette nation fait part de ce drame à un homme d'affaires de Eldia. Le président d'Uldas est persuadé qu'il s'agit d'un coup monté fomenté par leur nation voisine et rivale afin que celle ci détienne le monopole du marché de Vizorium. Afin de pouvoir dissiper le malentendu et disculper son pays, l'homme d'affaires d'Eldia fait appel à la WWWA et engage Kei et Yuri afin qu'elles mènent leur enquête et qu'elles retrouvent et arrêtent le véritable coupable ayant accompli ce forfait et commandité l'attaque des monstres.

La lignée des Joestar traverse les âges et les univers parallèles. Grâce à leurs stands, des pouvoirs psychiques utilisés pour se battre, les membres de cette famille issue de l’Angleterre victorienne parviennent à repousser les entités surnaturelles qui menacent la Terre. Ici, Josuke devra faire preuve d’exploits pour sauver sa ville, en proie à d’étranges événements. Dans la ville de Morioh, Higashikata Josuke est le fils illégitime de Joseph Joestar. Il possède un Stand, nommé Crazy Diamond, qui lui permet notamment de réparer les objets cassés.

Sous l'identité de Shinichi, Conan téléphone à Ran, et tous deux organisent un rendez-vous. Ce jour-là, alors qu'il cherche un moyen d'annuler le rendez-vous, Conan trouve un téléphone... Il s'agit en réalité d'un défi lancé par un poseur de bombes inconnu !! Conan s'engage dans une lutte effrénée contre l'agresseur...