Après qu'un mystérieux vaisseau spatial se soit écrasé sur la Terre, l'humanité se rend compte qu'elle n'est pas seule. Craignant une menace potentielle de l'espace, le monde s'unit. Le vaisseau spatial extraterrestre est réparé sous le nom de SDF-1 Macross. Malheureusement, le jour de son voyage inaugural, une flotte de vaisseaux spatiaux appartenant à une race d'extraterrestres, les Zentradi descend sur Terre, et le SDF-1 Macross, agissant de son propre chef, abat l'éckaireur, déclenchant une guerre intergalactique. Essayant de gagner l'orbite lunaire, le vaisseau - ainsi que la ville dans laquelle il se trouvait - est téléporté aux confins de l'espace. Hikaru Ichijou, un pilote doué, et Lynn Minmay, une chanteuse en herbe, sont entrainés mal grès eux dans cette bataille...

En 2160, les Zors attaquent le système Epsilon Eridani, peuplé d'humains. Au sein de l'Armée de la Croix du Sud, la 15e unité se distingue par son efficacité mais aussi sa réputation de semeuse de troubles. Elle est dirigée par le lieutenant Jeanne Françaix…