Sur l'île d'Amami, les habitants vivent en harmonie avec la nature, ils pensent qu'un dieu habite chaque arbre, chaque pierre et chaque plante. Un soir d'été, Kaito, découvre le corps d¹un homme flottant dans la mer, sa jeune amie Kyoko va l'aider à percer ce mystère. Ensemble, ils apprennent à devenir adulte et découvrent les cycles de la vie, de la mort et de l'amour…

Une ville indonésienne au bord de la mer a été ruinée par la guerre et le tsunami. Un homme est trouvé sur la côte par Atsuko et son fils Takashi, deux Japonais qui travaillent à la reconstruction après le sinistre. L'homme parle mal le japonais et l'indonésien. Ils lui donnent le nom de Rau qui signifie mer en indonésien et le protègent. Bientôt, Rau se retrouve impliqué dans plusieurs cas de miracles supposés.

En 1988 à Hiroshima, avant la promulgation de la loi contre le crime organisé, une rumeur prétend que le détective Shogo Ogami a des liens avec les yakuza. Il est associé au détective Shuichi Hioka et enquête sur une affaire de personne disparue impliquant un employé d'une société financière. Les conflits entre les groupes opposés de yakuza deviennent plus sérieux.

Pour préparer ses guerriers aux attaques potentielles d’envahisseurs étrangers, le hanshu organise un marathon. Le marathon suit un chemin de montagne sur environ 58 kilomètres. Les réservistes se joignent au marathon pour se faire offrir un prix. Pendant ce temps, le marathon est considéré à tort comme un acte de trahison par le gouvernement central Edo. Les assassins sont envoyés au Palais de hanshu. Jinnai Karasawa ( Takeru Satoh ) apparaît comme un samouraï normal, mais il est en fait un espion pour le gouvernement central. Il se rend compte que des assassins sont envoyés au Palais de hanshu. Pour arrêter les assassins et dissiper le malentendu, Jinnai Karasawa court désespérément.