Bean Bandit, pilote professionnel à Chicago, est engagé pour protéger une jeune fille, Chelsea Grimwood, qui vient d'échapper à un enlèvement. Mais en voulant ramener la jeune fille auprès de son père, il se retrouve accusé de son enlèvement.

Jun TENDÔ est un jeune lycéen fraîchement débarqué dans la ville de Kyōto. Ayant perdu son père dans un accident sept ans auparavant, il vit depuis seul avec sa mère. Un jour, de retour de l'école, il est poursuivit par un démon.Réfugié dans un vieux temple, il est secouru par le légendaire Momotarō et se retrouve bientôt projeté un millénaire auparavant dans le Kyōto devenu capital du Japon et en proie à des profonds troubles. Les habitants y combattent avec ferveur les pratiquants de la magie - appelés démons - qu'ils croient responsable du retour de Yamata-no-Orochi. Une légende parle de la venue d'un être pur qui combattera le démon et Jun est accueilli comme l'enfant héros de la prophécie.Tiraillé entre les seigneurs de Kyōto et le clan des démons représenté par la jeune Mizuha, le jeune garçon devra faire des choix et répondre à cette épineuse question : les Hommes et les Démons ne peuvent-ils pas coexister ?

Après un conflit qui a déchiré toute la région, Konoha connait enfin la prospérité et le progrès. C’est dans ce contexte paisible que Naruto est nommé 7e Hokage à la tête du Village des Feuilles. Il prépare la tenue du prochain examen de sélection des Ninjas de Moyennes Classes afin de détecter de nouveaux talents. Seule ombre au tableau : son fils Boruto, qui lui en veut terriblement car il se sent délaissé. Mais voilà que Sasuke rentre brusquement au village avec des informations inquiétantes… Boruto, en admiration devant le seul rival sérieux de son père, prend son courage à deux mains et supplie le dernier des Uchiwa de l’accepter comme disciple. Pendant les épreuves de l’examen, deux sombres individus s'attaquent à Naruto ! Boruto est tétanisé et ne doit la vie sauve qu’à l’intervention de Sasuke. Il découvre stupéfait que Naruto a disparu avec ses mystérieux agresseurs au cours de l’attaque éclair…

Plusieurs années ont passé depuis leurs débuts dans cet établissement. Tatsuya et sa petite sœur Miyuki entament leur dernière année à l’école de magie. Le frère et la sœur se rendent en compagnie de leurs amis dans une villa privée sur l’île d’Ogasawara. Ils font soudain la rencontre d’une étrange jeune fille appelée Kokoa. Alors qu’ils apprennent que cette dernière s’est en fait échappée d’une base navale, elle fait part de son dernier souhait à Tatsuya...

Le matin du jour de l'inauguration du nouvel Hokage, Naruto, ce dernier est encore profondément endormi. Il fut ensuite réveillé brutalement par Boruto, frustré de voir sa petit-sœur, Himawari prendre trop de temps à réveiller son père en douceur. Pendant le petit-déjeuner, Hinata déclara se charger de récupérer le Haori du Hokage spécialement cousu à la main par la même couturière qui coud traditionnellement les haori de tous les Hokage depuis le Premier. Hinata demanda alors à Naruto de se charger d'emmener les enfants avec lui à la cérémonie. Finalement, Hinata arriva sur place avant Naruto dû à un incident s'étant produit plus tôt. En effet, Boruto et Himawari se disputaient en tirant d'une extrémités à l'autre la peluche de Himawari et finirent par la déchirer. C'est à ce moment que, folle de rage, Himawari éveilla son Byakugan tout en poursuivant Boruto pour se venger.