En l'an 1707 le Mont Fuji entre en éruption, charriant une flopée de démons. Yoshiaki Sakaki part affronter ces démons armé de son épée Vorpale, mais tombe contre le Yokai Kappa. Sa fille Sakuya prend sa suite et achève le Kappa. Elle ne peut se résoudre à tuer son rejeton, et le recueille. Sayuka est désignée pour éliminer la source du mal, accompagnée du petit kappa Taro, qu’elle considère désormais comme un frère...

Dans un Japon déchiré par la guerre, le shogun Tokugawa, désespéré de rétablir la paix à son peuple, ordonne l'assassinat des chefs de guerre hostiles. Une belle jeune femme, avec neuf autres orphelins, est élevée depuis sa naissance à devenir un assassin. Son nom est Azumi, l'assassin ultime.

Une légende raconte qu'à la nuit tombée, une prestigieuse école de Tokyo devient le royaume de fantômes et autres créatures invraisemblables, les "Midnighters". Lors d'une journée portes ouvertes, trois petites chipies qui n'ont peur de rien pénètrent dans l'ancienne salle des sciences condamnée pour travaux et y rencontrent Monsieur Kunstlijk, l'écorché d'anatomie de l'école, et son ami Goth le squelette. Pas effrayées pour deux sous, elles vont relooker M. Kunstlijk façon Picasso pendant son "sommeil". Après avoir vu le résultat le soir même, l'écorché les invite à l'école pour leur faire passer une nuit de terreur et envoie trois lapins frappadingues armés jusqu'aux dents pour les ramener! Et voilà les trois gamines entraînées dans une série d'aventures improbables, mais la bataille ne fait que commencer et n'est pas le plus monstrueux celui que l'on croit...