Les Maîtres de l’Ombre ont été vaincus, mais les digisauveurs ne sont pas au bout de leurs peines. Il leur faut maintenant affronter la force du mal créatrice de tous ces digimon maléfiques. Apocalymon, est doté des pouvoirs de tous les digimon qui ont été battus par les digisauveurs et il envoie ceux-ci dans le monde informatique. Les enfants se préparent pour le combat final.