Cinq cents ans se sont écoulés depuis que de mystérieuses « Bêtes » ont exterminé le genre humain et les animaux vivant sur Terre. Les rares survivants se sont installés sur des îles flottant dans les airs, hors de portée de ces terrifiantes créatures. Seules quelques guerrières, les Leprechauns, ont le pouvoir de résister à ces assaillants en maniant d’anciennes épées sacrées. Mais leur espérance de vie est courte, car la mort peut surgir à tout moment ! Willem a dormi plusieurs siècles dans la glace et est le dernier témoin vivant de cette catastrophe.

Un groupe de 15 étudiants d’élite est rassemblé dans un lycée très spécial. L’école est sous la direction d’un ours appelé Monokuma, il leur explique que leur diplôme s’articule autour d’assassinats. La seule façon d’obtenir leur diplôme est de tuer l’un de leurs camarades de classe sans être découvert. Si les autres découvrent l’identité du tueur, l’assassin est le seul a être exécuté. Toutefois, si ils ne parviennent pas à attraper le tueur, seul l’assassin est diplômé et les autres sont annihilés.

Issu de l'union entre une humaine et un Yomu, Akihito est un adolescent doté d'un pouvoir de régénération lui permettant de survivre à n'importe quelle blessure. Alors qu'il marche près de son établissement scolaire, il aperçoit une jeune fille en haut du bâtiment semblant vouloir se suicider. Tandis qu'il essaie de l'en dissuader, celle-ci lui plante sans prévenir une épée en plein cœur. Ainsi fait-il la connaissance de Mirai Kuriyama, dernière héritière d'un pouvoir craint par l'ensemble des Yomu, celui de contrôler son sang et d'en faire une arme capable de tout anéantir. Toujours isolée depuis son enfance, Kuriyama est toutefois incapable de détruire les Yomu maléfiques en raison d'un incident du passé. Akihito tentera alors de lui faire surmonter son trauma en lui apportant le soutien qu'elle n'a jamais eu.

Kazuma Satō est un hikikomori qui ne vit que pour les mangas, les animes et les jeux vidéo. Il trouve la mort dans un accident de la circulation. Toutefois, son heure n'est pas encore arrivée puisqu'il se réveille face à une belle déesse qui lui propose de rejoindre un autre monde tout en apportant avec lui quelque chose ou quelqu'un qui lui tient à coeur. Ne sachant quoi répondre, notre héros choisit d'apporter avec lui cette déesse. Une fois sur place, il se retrouve chargé d'une mission qui consiste à vaincre le roi des démons. Ne se sentant pas concerné par cette demande, Kazuma décide de vivre une vie paisible en trouvant un travail pour se loger, se nourrir et vivre confortablement. Toutefois, cela ne durera pas longtemps car la déesse est là pour lui rappeler son rôle et l'armée du roi des démons compte passer à l'action...

Suite au coup d’État qu’a connu l’empire d’Arcadia, Lux, un ancien prince, a été condamné par le nouveau royaume à accomplir les basses besognes du peuple d’Atismata en échange de sa grâce. Un jour, par un mauvais concours de circonstances, il passe à travers un toit et se retrouve dans la salle de bain d’une école pour filles plutôt spéciale…

L'histoire commence dans un lycée où Makoto Ito est tombé amoureux d'une fille Kotonoha Katsura. Il la voit tous les jours dans le même train qu'ils prennent pour aller au lycée. Sekai Saionji, une amie qui est dans la même classe que Makoto, lui propose de l'aider, malgré ses sentiments pour lui...

Kiyotaka Ayanokôji intègre le prestigieux lycée de haut niveau de Tokyo où, une fois le diplôme en poche, quasiment 100 % des élèves trouvent un travail ou sont reçus à l’université. Pas de chance, il se retrouve dans la 2de D où finissent tous les élèves à problèmes ! Mais au bout d’un mois, Kiyotaka et ses camarades de classe découvrent l’envers du décor et le terrible système sur lequel repose le fonctionnement de cette école…

Mlle Kobayashi mène une vie ennuyeuse partagée entre son travail au bureau et son minuscule appartement jusqu’au jour où elle sauve la vie d’une dragonne. Se prénommant Thor, cette dernière peut se transformer en humaine, même si des cornes sur sa tête rappellent ses origines. Pour payer sa dette, elle décide de rester chez Mlle Kobayashi et de se mettre à son service…

L’histoire tourne autour d’un gamer de génie nommé Kazuto « Kirito » Kirigaya qui entre dans une réalité virtuelle massivement multi-joueurs en ligne (MMO) appelé Sword Art Online. La particularité du jeu est sa dangerosité. En effet, il n’y a pas d’échappatoire à ce monde, sauf si le joueur termine entièrement le jeu, car tout « game over » signifie la mort du joueur dans la réalité.

Nul à l'école et en sport, un joueur avide se trouve une adversaire de taille à la salle d'arcade douteuse qu'il fréquente : Akira, sa riche camarade de classe.

Formée dès son plus jeune âge par son père apothicaire, Mao Mao est un jour vendue comme servante au palais de l'empereur. Prisonnière dans les arcanes du pouvoir, elle attire l’attention de Jinshi, un séduisant haut fonctionnaire qui la promeut lorsqu’il découvre son talent pour confectionner des potions. Désormais goûteuse, Mao Mao met ses connaissances au service des gens du palais pour les soigner, mais aussi pour déjouer les mystères et les complots qui se trament...

Handa Seishû est un lycéen admiré par ses camarades et considéré comme un génie de la calligraphie. Tous le respectent, mais le caractère pessimiste et renfermé de Handa fait qu'il se méprend sur son propre compte et pense que l'attention que lui portent ses camarades relève du harcèlement. Lui, souhaite juste vivre une vie tranquille et paisible, mais à chaque fois qu'il tente d'échapper aux griffes de ses "persécuteurs", il se retrouve avec encore plus d'admirateurs dans les pattes.

Subaru Natsuki a basculé dans un monde fantastique où il fait la connaissance d’Émilia, une jeune fille aux longs cheveux d’argent qu’il jure de protéger. Malheureusement, le jeune homme ne résiste pas longtemps en se faisant tuer rapidement. Pourtant, il revient d’entre les morts, un phénomène qui se répète sans cesse, le ramenant toujours à son point de départ. Subaru entame alors un combat perpétuel dans lequel il essaie, peu à peu, de changer le futur...

Naofumi est projeté dans un monde proche en tout lieu d'un jeu de rôle d'heroic fantasy. Mais alors que d'autres héros ont été dotés d'armes offensives redoutables, Naofumi hérite d'un bouclier aux capacités limitées pour progresser dans ce jeu où le danger peut surgir à chaque instant. Trahi par sa partenaire et vilipendé par la population, le jeune homme ne peut désormais compter que sur lui-même pour survivre dans cet univers hostile... et peut-être sur une jeune fille désœuvrée aux ressources insoupçonnées.

Hikaru Tsuisui est un lycéen que l'on pourrait décrire comme un otaku. Il est tellement renfermé sur lui-même que ses camarades de classe ne le connaissent pas du tout. Il est un jour de corvée de nettoyage de la piscine scolaire avec la belle et désinvolte Igarashi Iroha qui est populaire auprès de nombreux garçons. Cette rencontre changera le cours de sa vie, mais de quelle façon ?

Le jour où elle devint Dieu débuta le compte à rebours avant la fin du monde. Narukami Yôta coulait tranquillement ses dernières vacances d'été avant l'examen d'entrée à la fac lorsqu'une prétendue déesse omnisciente, Hina, apparut devant lui et lui livra une funeste prophétie : "Dans trente jours, ce monde sera anéanti." Yôta fut d'abord perplexe, mais une démonstration du don de prescience de Hina le convainquit rapidement qu'elle ne lui mentait pas. Hina, dont les talents divins n'ont d'égal que l'innocence et la candeur, finit par habiter chez Yôta.

Takemichi Hanagaki n'a pas vraiment réussi sa vie. Il fait des petits boulots sans intérêt et lorsqu'il apprend que la seule petite amie qu'il ait jamais eu au collège, Hinata Tachibana, a été tuée par l'impitoyable gang Tokyo Manji-kai, il est anéanti. Le lendemain, toujours sous le choc, il est poussé sur les rails de la gare lors d'un mouvement de foule. Mais Takemichi ne meurt pas et quand il se réveille, il est revenu douze ans en arrière. Il va ainsi retrouver ses meilleures années, mais aussi tenter de sauver celle qui l'aime et prendre sa revanche sur la vie...

L'histoire nous entraîne dans le quotidien d'un lycéen timide passant ses après-midis seul dans la salle du club d'art. Un jour, il attire l'attention de Nagatoro, une lycéenne en première année au caractère très taquin. En effet, cette dernière passe ses journées à se moquer de lui et à le martyriser. Cependant, entre l'intimidation et les taquineries, quelque chose d'autre commence à fleurir.

Gorô Amemiya, un obstétricien exerçant dans un hôpital de campagne, n’a d’yeux que pour la sublime Aï Hoshino, une célèbre et talentueuse idole. Au détour d’une rencontre fortuite, la découverte d’un terrible secret va changer leur destin à tout jamais…

En raison de sa santé précaire, Kôichi Sasakibara est contraint de quitter la capitale pour la province de Yomiyama. Intégrant la troisième 3, il est loin de se douter que sa rencontre avec Mei Misaki, une mystérieuse jeune fille ignorée par ses camarades, marque dès lors l’avènement d’une série de catastrophes macabres révélant l’existence d’une ancienne malédiction…