Un mois s'est écoulé depuis l'incident de Yubel. La vie à l'Académie a recommencé, mais Jaden est resté isolé dans les dortoirs rouges, sans faire un pas en avant. Au milieu des choses, le système de duel va soudainement mal tourner. Les cartes qui ne répondent pas à Solid Vision commencent à apparaître. Alexis, Chazz et Fujiwara ont examiné les salles informatiques afin d'aller au fond des choses. Pendant ce temps, Jaden a reçu un téléphone cellulaire d'un expéditeur inconnu et est informé de certaines informations énigmatiques.